2014年3月18日晚間發生反服貿學生攻佔立法院議場，時任總統馬英九後來曾發動院際協調權，要找立法院長王金平，但遭到王金平拒絕。後來，王金平說，馬英九若私下找他，他會去，但他用院際協調，「我認為有所不妥，才沒有去參加」。馬英九後來則在新書裡寫，他請曾永權詢問王，王則以「立法院原也不容外力干預」回應。
318當晚百餘名學生為了抗議服貿協議委員會僅以「半分鐘」就完成審查，攻佔立法院議場。根據王金平後來書中回憶，當晚，他接到時任行政院長江宜樺來電，說警政署準備強力驅離占領議場的學生。對行政院決定，王表達尊重，但也提醒，必須要以保護學生安全為第一優先。
不過，經過警方3波的驅離未果後，王金平認為，應先看情勢如何發展，別再進一步驅離，因此，便透過幕僚向警方表達，先保持現場。
3月21日，馬英九發動憲法第44條院際協調權，召集行政立法院際會議。但只有行政院長江宜樺與會。當時總統府發言人李佳霏表示，對於學生進入立法院議場抗爭所引發的爭議，王金平上午與馬英九通話，王院長認為，這次是朝野黨團對於議案審查的爭議而起，因此立院正尋求各黨團獲得解決問題的共識。總統同意王院長的看法，雙方已決定將今天上午的會商，延後辦理。
馬英九在《八年執政回憶錄》書中回憶，3月20日晚間，他找來副總統吳敦義、江宜樺商議，吳敦義提議，應動用憲法第44條的「院際爭執調解權」，由總統請立法院長、行政院長商量讓學生退場，江宜樺也表達贊成。
馬英九隨後致電王，邀請隔天上午入府，王當場應允，但未料，隔天王未現身，代人送來一封信，表明此次爭議是屬朝野黨團審查議案，與憲法第44條的爭議不同，立法院屬合議制，應由各黨團協商解決。信末，王還以「總統體察時局，傾聽民意」作結。
馬英九說，王金平未依約定前來，他心中一沉，請國民黨秘書長曾永權詢問王信中的真正含義，王以「立法院原也不容外力干預」回應，顯然對於占領立法院事件有自己想法，吳敦義、江宜樺也為此憂心忡忡，認為王想搶回主導權，最後他只能「尊重國會」。
但王金平後來在學生退場時則對此表示，不出席院際協商，是因為他認為有所不妥；但如果馬英九私下邀他見面，共商解決之道，他一定會盡快赴約。
至於柯建銘日前對外說明反服貿群眾占領議場期間，與王金平溝通協調的過程，有「黨政人士」放話批評王金平拒絕參加馬英九召開的院際協商，卻私會柯建銘。對此，王金平先反問「什麼叫做私會呢？」他表示，在那段期間，自己私底下會見各政黨人士超過10次之多，公開行程中也舉行6次朝野協商，任何政黨人士要去見他，他都會接見，因為有接觸才會知道別人的意見。
王金平指出，馬英九總統若是私下邀他見面，共商群眾占領議場的解決之道，他也一定會盡快赴約。但是，對於院際協商，王金平認為，馬英九是用憲法條文第44條要求，「所以我認為有所不妥，才沒有去參加。」如果「私底下他（總統）要我見面共商解決之道，一定趕快去晉見，這有所區別」。
