日本政府計劃最快自 2026 年起調高簽證手續費，以反映行政成本上升並與歐美標準接軌。由於台灣人短期入境日本享有免簽待遇，預料此次調整影響不大。不過，日本同時研議對免簽旅客實施「電子旅行認證制度」（JESTA），該項措施可能收費。
《日本經濟新聞》與《朝日新聞》報導指出，隨著訪日外國旅客人數持續攀升，日本政府希望簽證發放的行政成本能部分反映在簽證費用中，並藉由調漲簽證費緩解部分地區出現的「觀光公害」（overtourism，又譯超限旅遊）問題。漲幅將參考七大工業國集團（G7）與經濟合作暨發展組織（OECD）成員國的標準，商務與長期居留簽證也列入調整範圍。日本外務省預定今年度徵求民意，修改政令後實施。
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目前日本簽證費用為一次性簽證約 3000 日圓（約新台幣 610 元），多次簽證 6000 日圓。相較之下，美國短期簽證為 185 美元（約新台幣 5670 元）、英國為 177 美元、加拿大為 100 加幣，申根區成員國如法國、德國、義大利等則統一為 90 歐元。日本自 1978 年以來未曾調整簽證費用，發放人力與行政成本卻逐年上升，政府也考慮改為「申請時收費」制度，以避免部分申請人放棄取件造成浪費。
統計顯示，今年上半年（1 至 6 月）訪日外國旅客達 2151 萬人次，較去年同期的 1777 萬人次大幅成長，為半年內首度突破 2000 萬人次。日本政府推估，即便提高簽證費，訪日人潮仍不致明顯下滑，反能增加財政收入。
目前約有 120 多個國家（主要包括中國、越南、菲律賓等）入境日本須申請簽證，其中中國去年申請件數達 524 萬件，占總量約 7 成。菲律賓與越南分別為 57 萬與 32 萬件，三國合計近 9 成。若簽證費上漲，預料對這些國家影響最大。相較之下，美國、台灣、韓國、澳洲等 74 個國家與地區則享有短期免簽入境。
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台灣自 2005 年 9 月 26 日起實施短期免簽政策，觀光、訪友、療養、運動等目的者可停留 90 天；但若涉及就業或報酬性活動，仍須事前申請簽證。
除簽證費外，日本政府也考慮自 2026 年起調高「出國稅」（departure tax）。該稅自 2019 年起徵收，所有旅客（含日本人）出境時須支付 1000 日圓。官方考慮比照美國標準提高金額，同時下調護照申辦與換發費用，以減輕日本國民負擔。
日本預計於 2028 年啟動「電子旅行認證制度」（JESTA），參考美國 ESTA 制度，適用於享有短期免簽的外國旅客。屆時旅客須事前上網填報職業、入境目的、住宿地點等資料，經出入國在留管理廳審查通過後方可入境。JESTA 收費金額尚未確定，但若比照美國 ESTA（40 美元），預估約為 6000 日圓（約新台幣 1220 元）。
