台北市長柯文哲競選台北市長期間，遭國民黨前立委羅淑蕾猛打MG149案，挨告貪污、背信、詐欺、偽造文書等罪，經台北地檢署調查，於8日被以罪證不足不起訴。而當時被柯反控違反選罷法、加重誹謗罪、誣告罪的羅淑蕾，同樣也獲不起訴處分。

柯文哲2014年競選北市長時期，羅淑蕾指控柯文哲擔任臺大醫院外科加護病房主任時，私設帳戶，接受企業和個人贊助，以此收取廠商回扣，從中獲利，引發熱議，也讓當時競選市長的柯文哲選情受到衝擊。

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柯文哲認為，羅淑蕾涉嫌意圖使人不當選等罪，因此依《選罷法》提告，但選後隨即撤告，台北地檢署針對屬非告訴乃論的誣告等罪調查，認為羅淑蕾提出的質疑攸關公眾利益，且帳戶一事也並非捏造，因此，8日以罪嫌不足，給予羅淑蕾不起訴處分。

針對爭議，羅淑蕾8日受訪表示，柯文哲自己也承認利用名義去設私帳，也公布了一些私帳，事實上，裡面有柯接受葉克膜廠商的捐款，每個月固定給他20萬，他說是演講費，有那麼多的演講費嗎？如果是合法捐款，為什麼不捐到MG149公帳裡面，為什麼要私設帳戶？國科會的錢也流到秘書的帳戶，院內研究經費都有流到私帳。

羅淑蕾表示，還沒有看到起訴書的內容，但是，感覺不可思議、滿離譜的，要看起訴書怎麼寫，社會也自有公評，柯文哲設私帳是事實，自己也承認，當然會繼續追。