台北地檢署偵辦醫界史上最大規模集體逃漏稅案，查出中央研究院院士蔡作雍創辦的「思源教育學術促進基金會」，以及另個「成漢教育基金會」，幫助國防醫院畢業的教授、三總醫師等253人假捐款約2.6億元，共逃漏稅金7840萬餘元，其中蔡作雍等225人認罪獲緩起訴；三總醫師吳佳駿等27人不認罪被依違反《稅捐稽徵法》起訴，僅1人罪證不足獲不起訴。對於此次兩個基金會涉及不法，教育部要求7日內提出說明。
檢方表示，國稅局早在2005年間稽核綜合所得稅就發現弊端，多名醫師以捐款名義捐贈「思源教育學術促進基金會」、「成漢教育基金會」，以此方式降低稅率，不過同時向基金會申請研究經費，再由基金會扣除5%的行政費用，撥付捐款金額9成的研究經費「回流」到涉案醫師上，再開給全額的捐款收據，由醫師報稅時扣抵所得總額，藉此逃漏所得稅。
檢調調查發現，涉案的253名大都是國防醫學院畢業的三總醫師、教授、基金會成員，合計醫師們捐款逾新台幣2.6億元，逃漏稅7840萬餘元。多數捐款人已向國稅局坦承逃漏稅遭裁罰，並已繳交罰金。
針對此次逃稅案，北檢9日偵結，將不認罪的27人提起公訴，另蔡作雍等225人獲緩起訴，蔡作雍因涉嫌幫助逃漏稅，緩起訴處分金為35萬，思源基金會執行長傅鍔處分金為57萬元，另外涉案的「成漢教育基金會」董事林欣榮、執行長徐偉成亦獲緩起訴，各須支付44萬3000元、21萬元處分金。
根據蘋果日報報導，教育部終身教育司長黃月麗表示，由教育部立案的教育基金會有700多個，因此每年大約會抽查100家的財務狀況，由會計師查帳，各基金會每4年才會輪到1次抽查，不過每年度都須繳交年度工作計畫與財務報告，若涉及不法嚴重，可以撤銷立案。教育部已要求這兩個基金會7日內提出書面報告，並將其列入重點財務查核對象。
