教育部曲解醫學生招生名額計算方式，讓管制近30年的招生名額由1300名擴增至1600名，引爆醫界怒火。為此行政院長卓榮泰緊急召開跨部會協調會議滅火，確認醫學系學生招生總名額維持1300名，包含教育部及國防部權責核定的名額在內。此事件也對多年來一再破壞招生總量管制的教育部，重重的打了一巴掌。
此事件爭議源於教育部日前宣布清華、中興、中山三校學士後醫學系從公費生改為自費一般生，招生名額由原23名調增為35名，而被醫界質疑打破行之有年的醫學生總員額限制。雖然教育部曾重申1300人總量未變，但醫界批評教育部的計算方式未將國防醫學系及海外回流醫師納入統計。
招生總量管制是指學校為了維護教學品質和校園環境，對學生人數進行限制的一種措施。在醫學生方面，因有醫學界與衛福部把關，自民國87年起一直維持每年1300名額迄今未變，而教育部雖然是招生總量管制的主管機關，多年來卻巧立名目任意放水破壞招生總量管制，也因惡習未改，終於捅出這次的大漏子。
長年來，教育部推動政策的二大利器，就是經費補助與招生名額。按理說教育部訂定並推動招生總量管制，應該恪遵總量管制精神，比誰都要在意總量管制，但歷年來一再破壞總量管制的元兇就是教育部。例如，當社會認為應該給予經濟或文化不利入學的弱勢學生機會時，教育部不思從總量管制內調整名額，而是給予外加名額，導致出現原住民、離島生、身心障礙、運動績優等眾多外加名額；另外還有僑生、政府派駐國外工作人員子女、境外優秀科學技術人才子女等外加名額，一再突破總量管制的上限。
十多年前，教育部推動產學攜手合作專班也是祭出經費補助、外加招生名額手段，以吸引技專校院投入，不料在辦理公聽會時卻被砲轟破壞招生名額總量管制，形同在主建築外增建違章建築。目前產學攜手合作專班的招生名額，原則上納入學校的招生總量管制，但若符合特定條件，經核准後，得以外加名額方式辦理。終究還是開了小門。
所謂總量管制，照字義看應該是從總體數量進行名額管制，但教育部卻在「總體數量」之外發明「外加名額」，形同「總量管制」＋「外加名額」＝「總量管制」，讓外加名額成了幽靈名額。也因教育部的創意認知與眾不同，才會出現衛福部與醫界認定的總量管制1300名額，到教育部卻變成總量管制1300名＋其它名額=總量管制1600名。當1300名額變成1600時，教育部卻還再三振振有詞的說核配的醫學系招生名額始終嚴守1300人總量，並未另闢名額，亦未突破總量管制。問題是若這次的擴招未被擋下，未來醫學生的總招生名額就不是行之多年的1300名，怎會沒有突破總量管制？從過去教育部罄竹難書的外加名額，就不難理解其慣性的思考邏輯，只不過這次終於踢到鐵板了。
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