總統大選後，馬政府將正式轉為蔡政府，但雙方對於交接內容仍有爭議。由於總統當選人蔡英文曾說，馬政府急著在520前核定5年千億元的「高教藍圖計畫」，對新政府很不尊重，行政院發言人孫立群25日則反嗆，「對事情不瞭解就說不尊重，我們覺得我們是非常不被尊重。」
雖然新舊政府已舉辦首次交接會議，但進度似乎不多，且藍綠仍對「總統職務交接條例」並無共識。蔡英文24日受訪時也批評，馬政府有個新世代的「高教藍圖計畫」，支出高達5年千億元，且是2017年執行，但馬政府卻趕著在520前核定，「我們認為這是不恰當，對未來政府不尊重」。
對此，孫立群上午在行政院會記者會反駁，高教藍圖政策目前僅停留在收集資訊、進行規劃評估的階段，涉預算與政策決定等項目，都會在7月後才送立法院，並非520之前定案，他也直嗆新政府，「對事情不瞭解就說不尊重，我們覺得我們是非常不被尊重。」
而談到交接一事，孫立群也大吐苦水，強調行政院提的交接要項跟目前立法院爭議的不同，行政院希望各部會有交接對口，因為許多政策牽涉機密敏感事件，沒有明確對口，法律上非常難處理，工作同仁講的話有可能觸法，但民進黨似乎認為這些東西瑣碎、不重要。「你們問我們怎麼辦，我們也不能怎麼辦，要接政權的他們(民進黨)，不是我們」。
另外，孫立群也提到政院對於世界衛生大會（WHA）希望新政府趕快指派「出席人選」一事。他強調，我國自2009年起每年受邀參加WHA大會，像去年衛福部長蔣丙煌的邀請函上就明白寫著「部長」頭銜，參與國際活動不容易，不管誰在任都努力爭取。
孫立群說，有些人批評政府至今連邀請函都尚未拿到，但應該是先由我方提出參與人選，對方才會邀約，現在不知要寫誰，「我國現在好不容易要到一個很高的規格，難道今年要自己降低規格，請對方隨便提供一張邀請函？」他說明，5月份WHA大會，今年報名時間是3月底、4月間，如果等520之後再公布新任部長，邀請作業會來不及。
