行政院3日宣布第2波重大政策的推動決定，目前確定航空城、桃園機場捷運等都會持續推動，但花蓮環保科技園區之存廢、雲林縣林內垃圾焚化廠則列入交接項目，交給新政府決定。對於機捷何時能通車，發言人孫立群說，沒有時間表，尊重桃捷公司決定，且備標、發包都是桃捷公司董事長何煖軒擔任交通部高鐵局長時決定，何時通車，可以去問何煖軒。
行政院長張善政上午拜訪立法院長蘇嘉全、副院長蔡其昌，以及各黨團，孫立群說，主要是表達恭賀之意，並且提到將來要如何互動。他也說，雖然現場有特別提到149個案子不要全部送上去，因為有些本來就很有爭議，送上去也不可能處理的完，張院長也說會回來檢討，做有必要的刪減。但後來發現，這些案子早在2月1日送到立法院，所以對蘇嘉全很不好意思。行政院會以提優先法案做補償，大概這週就會處理。
經過上午的會議，決定12項重大政策是否續推，政院將續推的包含財政部推動《所得稅法》第43條之3及第43條之4修法案，也就是俗稱的反避稅條款，讓公司設在開曼等地的公司，政府也課得到稅。而衛福部推《菸害防制法》第4條、第35條修正草案有關菸捐調漲案，從20元調到40元，將持續推動，並加強與各界溝通。
同時，文化部推國定古蹟台北機廠保存活化再利用事項，目前是由文化部辦理有償撥用，孫立群說，但要400億，現在不可能有哪個部會有400億可以處理這件事，因此會持續推動，並徵詢交接小組意見。原民會推的國家級原住民族博物館也將持續推動。
而科技部推海洋科學研究專區，孫立群指出，現在的問題是，高雄市府原有一塊3.1公頃的地要納入這個專區，但現在希望拿回去挪作他用，所以沒把握能在520前克服，仍將持續推動；另外，台灣光子源光束線實驗設施興建經費，同樣會持續推動，並徵詢交接小組意見；農委會推歐盟指認我國為打擊非法漁業不合作國家警告(黃牌)名單，也會持續推動，並加強與各界溝通。
至於交通部「桃園航空城」計畫，孫立群說，目前可做的事都已被立院決議、法律定住了，不管蛋白區、蛋黃區都要做全區聽證，因此會持續推動，並徵詢交接小組意見。但他也直言，完全不可能在520前推完。另外，機場捷運通車期程，他指出，安全沒問題，只是沒辦法達到合約的35分鐘通車時間，牽涉軟體協調，在尊重桃捷之下，驗收後再交給桃捷，不會很難解決，桃捷說何時通就何時通。
不過，環保署推的案除了「台南市中石化安順廠整治場址專案小組」研議評估該處魚塭是否仍需繼續停養及後續相關事宜將持續推動，並徵詢交接小組意見外，花蓮環保科技園區之存廢，則將列入交接項目，留待新政府決定；而雲林縣林內垃圾焚化廠為工程會列為應活化之設施，進度已達99.1%，但因與前縣長蘇治芬不願啟用有立場衝突，孫立群坦言，舊政府解決不了，啟用機率很低，所以列入交接項目，留待新政府決定。
另外，對於衛福部2日決定將DRG支付制度暫緩，孫立群表示，這項新規定真的是行政權，也沒送到院來，僅由部推動，但現在聲音很多，衛福部把它暫緩，張院長是支持的。
