新冠疫情雖到尾聲，但於2021年5月中爆發本土疫情時，部分輿論認為中央流行疫情指揮中心對於疫苗整備及採購政策似有不周一事，經由監察委員林郁容、王麗珍、蘇麗瓊、蕭自佑等針對相關事項調查後，今以新聞稿方式公布其調查報告，內容指出衛福部應對於疫苗的整備與採購決策作業程序未臻周妥、相關法令欠完備，以及資訊揭露不足，上述4點進行檢討改善。

監委表示，這個案子自去年12月21日經社會福利及衛生環境委員會審查，經與會委員討論，認為有再予補充論述需要。但為確保調查報告的周全，會斟酌會中監委提出各項意見，修正調查報告內容部分文字後，再行送會審查。此次監委調查過程中，曾諮詢國內專家學者，及約詢前任衛福部長陳時中、疾管署長周志浩及食藥署長吳秀梅等人，並經由監察院社會福利及衛生環境委員會於22日通過相關人等所提調查報告。

監委說明，先進國家較早在疫苗尚未研發成功或取得EUA時，就投入大量資金，以投資方式超額採購疫苗。且因疫苗初期產能有限、供不應求，採購條件由賣方主導，加上當時（2020-2021年第一季）國內疫情平穩，因此當時民眾接種意願不高，所以台灣向國際疫苗廠採購及簽約時程較其他國家晚，且採購數量相對較少，也因為疫情不嚴重不在國際疫苗廠優先供貨的國家名單內。

但到了2021年5月中，本土疫情嚴峻，但台灣疫苗僅到貨87萬餘劑，同年7月底到貨數量約951萬餘劑，其中586萬餘劑是國際友人捐贈。監委表示，指揮中心應針對這次供應數量，確實檢討無法滿足民眾接種疫苗需求的各項因素，作為日後因應新興傳染病流行的疫苗政策決策，及執行採購時程的參考。

除此之外，2021年發生社區感染時，開始批評購買疫苗數量太少聲浪開始逐漸變大，甚至有人認為第一要務是取得疫苗，即使價格再貴，也應在國際間不計成本搶購疫苗。監委表示，但當時疫情難以預料，指揮中心增加採購數量，來不及在效期前全數接種，部分疫苗必須銷毀，結果又再被質疑購買數量過多。監委指出，雖然COVID-19疫苗的交易為賣方市場，各廠商在合約中約定雙方權利義務有利於賣方，而採購數量、時機，以及各國國民所得情形，都可能影響疫苗採購單價，且廠商並未公布其訂價依據的成本分析，疾管署確實難以取得各國購買的價格進行比價。

監委表示，衛福部及工程會應就這次疫苗採購經驗，通盤檢討緊急採購的相關規範，如授權範圍應具體明確，採購程序及機制容許相當的彈性，完備緊急採購的法令規範及辦理程序，使公務員不致進退失據，得及時依專業判斷適當採購。

監委也說明，行政院在2020年7月確定疫苗來源包括「自研自製」管道，也就是國產疫苗的開發。食藥署當時即規劃視疫情急迫情形及緊急公衛需求，必要時給予EUA。可惜的是到現在國際僅有10國承認高端疫苗，主要原因即為高端一直未有傳統第3期臨床試驗的結果證明其療效，部分民眾也質疑高端保護力，不利國內疫苗產業發展。

監委認為，未來如果有類似情況，衛福部應以這次疫情經驗為鑑，研酌在契約中擬訂業者取得相關國際認證等適當條件，以促使國內業者盡最大努力，提升民眾信心。監委進一步強調，衛福部雖已公開部分疫苗採購、核予高端疫苗EUA、通過高端疫苗效益評估報告等重要決策內容，但公布的資訊尚不足釐清民眾對疫苗政策的諸多質疑，應公開更完整的疫苗決策資訊，並檢討目前將相關簽稿文書的機密等級設定「密」等的必要性，適當開放各界檢視。