政治檔案條例於去年7月24日正式公佈施行，今(23)日正好滿一年。促轉會表示，過去一年來儘管在檔案徵集、解密上有所進展，但是，沒有被清查、審定的檔案，仍然無法估計。而過去清查出的檔案中，以國防部及所屬機關為大宗，超過百萬頁的政治案件軍事審判檔案，成為推動歷史研究與平反的重要基礎。因此，促轉會除了偕同檔案局，針對國安情治機關進行政治檔案擴大清查外，也再次強調若相關單位能藉由政治檔案清查、移轉，作為正視歷史的起點，將有助於政府持續往民主深化的路上前進。
促轉會表示，政治檔案條例的立法目標，是推動威權體制、國家總動員、戒嚴、動員戡亂時期以及二二八事件的歷史研究與公民的轉型正義教育，公開真相並促成社會和解。依照該條例規定，各政府機關需進行政治檔案的清查與編製目錄，若經檔案局審定為政治檔案者，應移轉為國家檔案，由檔案管理局保存；針對尚屬機密者必須進行解降密的檢討，保密逾30年且無法律依據者就應該解密。
促轉會指出，因為政治檔案條例的施行，才讓林宅血案、陳文成案的相關檔案得以解密，促轉會的調查工作能有所進展，並透過新解密的檔案，釐清情治機關在案件當中扮演的角色與涉入程度。
促轉會表示，自2000年啟動的歷次政治檔案清查與徵集，從過程到結果都是轉型正義的重要指標，各機關從早年曾指稱檔案已多亡佚到後來積極配合政策方向，仍能清查出大量檔案，其中，尤以國防部及所屬機關為大宗，超過百萬頁的政治案件軍事審判檔案，成為推動歷史研究與平反的重要基礎。
然而，隨著各界對威權統治歷史的瞭解日益推進，促轉會也發現，對國安情治機關的檔案徵集，相對而言成果較有限，直到第六波的檔案徵集，調查局的積極配合成為重要的拼圖，也因此，促轉會除了要向各個機關過去兩年的協力表達肯定與感謝外，也必須強調「這些案件的調查與檔案的徵集，並非句點」。
從陳、林兩案乃至於其他案件研究的過程中，促轉會明顯發現許多關鍵檔案的闕漏，亟待再次清查，對此，促轉會進一步解釋，儘管政府已啟動多次政治檔案的清查工作，但歷次清查仍都會有「新發現」。
為尋求有效解決之道，在行政院指示下，促轉會正與檔案管理局合作，針對部分重點機關，包含：國家安全局、法務部調查局、內政部警政署、國防部等，進行政治檔案的擴大清查，促轉會因應各機關檔案管理模式的差異，多次拜訪、協調各機關，希望能將機關所管有民國34年至81年的政治檔案進行徹底、全面的清查，落實政治檔案條例所揭示的轉型正義價值，陸續也大多得到各機關的協助。
促轉會認為，轉型正義的重要目標，是反省國家各個部門過去對人民造成的傷害。曾是威權統治重要支柱的國安情治機關，隨著解嚴歷經不同的組織變化，有的已然解散、有的雖在組織上有承繼性，但在各機關努力下，也持續朝著民主化的方向發展。
轉型正義作為政府重要的政策目標，不只是促轉會單一機關的責任，促轉會建議相關機關，透過政治檔案的全面清查，除了落實政治檔案條例的規範外，更重要的是，以此作為回顧機關歷史的起點，如何與機關既有的傳統價值或組織文化對話，正視歷史，記取教訓，將是促轉會後續與各機關協力努力的目標。
