根據《聯合晚報》取得一份台農發去年10月暫結的財務報表資料顯示，台農發公司107年1到10月，營收2,719.5萬，稅前淨損達3,611萬，待彌補虧損達7,837.8萬，若按照農委會日前對外宣稱的台農發公司資本額達2.4億元，這兩年多來，台農發累積虧損已逼近資本額三分之一。台農發公司發言人張皓鈞對公司營運狀況表示「不回應」，農委會國際處副處長林家榮表示，台農發是私人公司，績效如何自己不方便評論。
農委會表示，台農發公司資金來源為8家民營公司及財團法人，政府部門沒有資金補助，實收資本額為2億4,000萬，其中台肥公司投資8,000萬，外貿協會、中盈投資各3,500萬，兆豐銀行、CAS協會、國合會、雜糧基金會各2,000萬，全國農業金庫投資1,000萬，這份資料來自其中某公司去年底的投資效益評估，暫結到去年10月為止。
根據資料顯示，台農發公司民國105年營業收入473.2萬、106年240.2萬、107年1到10月2,719.5萬；對照該公司的營業成本，105年792萬、106年4,329.8萬、107年1到10月6,330.5萬；也因此105年虧損283.2萬、106年虧3,998.3萬、107年1到10月虧損3,556.3萬。
前金管會主委、立委曾銘宗表示，「台農發公司民國105年12月5日成立，當初對外宣示是農業國家隊，要為我國農產品銷售、行銷帶來效益，但成立兩年多以來，實收資本額2.4億元，已經損失7,837萬元，雖然僅算到去年10月，若看整年度，推估虧損應該超過三成。」
曾銘宗指出，「這是一家貿易行銷公司，沒有科技研發，也沒有購買土地、蓋廠房投資，支出的費用絕大多數都應該是人事費用，沒有做出績效，也沒有達到當初宣稱的政策目的，這些公司都應該回到立法院列席，接受監督。」
中華民國農會總幹事張永成表示，「這在農業界已經傳了很久，台農發是一家貿易公司不是一個生產單位，賠的一蹋糊塗，又不受到民意監督。」他認為，「其實所有的投資單位都是泛公股的單位，在政府的要求下，逼不得已去投資的。說穿了，都在燒全民的錢，根本沒有民間公司的壓力，政府是在拿全民的錢做實驗嗎？」
然而，農委會副主委陳添壽出面力挺表示，台農發是剛起步的民間公司，本來設定募資10億，後來募資2.4億元，公司方面一直積極規畫拓展國際市場，相信能建立台灣農產品行銷很好的模式。
