高雄市政府文化局委託專家學者對內惟（小溪貝塚）遺址進行研究調查，經高雄市遺址審議會審議，確定該遺址具有保存及指定價值，於101年2月3日正式公告為市定遺址，成為高雄市繼左營舊城遺址、東沙遺址、萬山岩雕群遺址及鳳鼻頭（中坑門）遺址後第五個遺址。
文化局長史哲表示，內惟小溪貝塚遺址位於鼓山內惟龍泉寺西側，核心位置分布於壽山國家自然公園內，既有生態保育的環境價值，生態功能相當於「港都之肺」，更有過往西拉雅支部馬卡道族原住民生活的文化涵蘊。
遺址審議委員在現場勘查及討論之後，確認「內惟（小溪貝塚）遺址」蘊育豐富的地質地形景觀與動物資源，除了具有史前貝塚遺跡遺址，且為歷史紀錄中平埔族馬卡道族打狗社原住民族生活空間，整體而言具有生態及文化保存價值。史前遺址的被指定，象徵高雄市的歷史深度探尋與文化資產保存工作都往前邁進一步。
貝塚出土遺物中，除了各種貝類及貝輪之外，可見紅褐色夾砂陶、黑色陶環、石器等器皿，以及生態遺物如水鹿、豬、家犬類的骨質遺留，都是先民曾經在此生活的痕跡。至於從中發現的澎湖橄欖玄武岩製石斧，則證明早期台灣本島與澎湖群島之間的往來互動關係。
文化資產經正式公告後即受法定保障，具有法定保存與活化一體兩面的實質作用。因此，文化局呼籲大眾發揮文化公民的道德涵養，一齊守護「內惟（小溪貝塚）遺址」，文化局也將與民間團體密切合作，共同維護管理遺址保存區，並藉由推廣多元社會教育，規劃深度旅遊等永續經營，讓城市的歷史更貼近市民生活。
