既然ETF是值得注意的投資方式，投資人在投資之前就應先行深入理解投資成本及稅務的計算方式，才能有效掌握風險與利潤的歸向。
ETF的總費用是由經理費、保管費、指數授權費、上市費等費用所構成，每一種商品的費用未必相同，但每家發行機構網站上都可查看詳細的費用內容，主管機關也規定，每檔ETF的公開說明書都必須詳細說明收費的方式，投資人在投資前應先行參閱、比較。
上篇文章終曾經提到交易的稅的部分；交易在台灣證券交易所掛牌的ETF，證交稅只有千分之一，手續費與股票交易相同。
其次，ETF的其他費用隨著類型不同也有所區分，以美國為例，收費標準大約可分三種類別；第一類如大盤指數ETF，整體管理費用約介於0.09%-0.25%間。第二類為產業類型ETF，管理費率約介於0.28%-0.6%間，第三類是國際指數基金，費率介於0.5%-0.99%間。相較於投資人平常最常購買或投資的一般主動型操作的基金平均費用超過1.5%，投資ETF相對其他基金成本低廉很多。這些費用都是直接由資產淨值內扣，投資人比較不會感受到，但仍應有所了解。
而基金規模大小，與追蹤操作難度也與費用多寡有很大關係；規模愈大或操作愈容易者，費率就可能愈便宜。但有些連結式ETF是原境外ETF重新包裝再發行，這類商品除收取原境外ETF收取的基金管理費外，國內發行業者也會收取基金管理費，投資成本的差異也自然會影響績效，這是投資人在投資連結海外ETF商品時應考量箇中的成本差異。
為因應台灣投資人的偏好，部分ETF商品的設計有配息機制，但是否分配及如何分配端視ETF發行管理公司的公開說明書的內容而定，但多數都是以現金股利的方式發放。既然有配息就會有稅負的問題.國內ETF商品配息來源若為股利及利息收入，自然會如投資股票的股利分配併入個人所得稅。境外ETF分配的現金股利，對個人或總機構在我國境外之營利事業，境外ETF分配之現金股利收益屬於境外來源所得，目前免課所得稅。
但自從最低稅負制實施後，個人取得境外來源所得應依所得基本稅額條例規定課徵基本稅額，總機構在境內之營利事業或團體法人取得境外ETF分配之現金股利收益，則併入中華民國來源課徵所得稅。
尤其要注意的是如投資在美國上市的ETF(個股也是)，有些會被美國政府預扣30%的現金股利，例如元大標普500ＥＴＦ(股票代號:00646)，基金採年配息，雖然因為已經簽署FATCA相關協議而不預扣稅款。但是其他投資美國的ETF商品是否有相同的條件，因美國政府的稅法規定十分複雜，即使國內的金融或證券機構也未必能完全掌握，投資人如有特殊的稅負規畫，最好在投資之前先行請教熟悉美國稅法的會計師、律師，以避免意外的風險。
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