針對最近因為中配亞亞等「武統台灣」言論，亞亞等人高調稱這是言論自由範疇，此議題引發何者才是「言論自由」的討論。鄭南榕因為追求百分之百的「言論自由」自焚抗議，國史館將他在獄中的日記整理出版，預計在他自焚紀念日（7日）當天下午對外公布日記史料。
國史館館長陳儀深在出版的鄭南榕日記中撰序表示，1986 年 5 月 19 日，為了抗議國民黨政府已經施行長達 37年的戒嚴統治，《自由時代》週刊創辦人鄭南榕發起「519 綠色行動」，號召眾人於萬華龍山寺拿起「反戒嚴、爭人權」和「戒嚴就是軍事統治」的布條，要求解除戒嚴，並準備遊行到總統府請願。這是台灣漫長的戒嚴過程中首見公開要求解嚴的大型群眾運動。
鄭南榕從美麗島事件之後就積極投入黨外民主運動，先是1980 年底幫助周清玉女士競選國大代表，選後開始幫《深根》、《政治家》等黨外雜誌撰稿。1983 年底他決定自己創辦雜誌，並在 1984 年 3 月 12 日發行《自由時代》創刊號，自始至終以追求民主憲政與言論自由為職志，意志堅定。他深刻理解動員戡亂體制扭曲憲政，戒嚴法更限制了憲法賦予人民的基本權利和自由，阻礙台灣民主化的進程，因此勇於批判時事，甚且在風聲鶴唳的年代公開主張台灣獨立，更以雜誌社為基地，多次發起民主改革、歷史平反的群眾活動，將雜誌社經營與社會運動相結合，這是當時黨外運動少見的操作模式。
陳儀深說，上述的 519 綠色行動（「非法聚眾」）之類是最犯忌諱的，但是當局的處理比較迂迴，這應是 1986 年「不約而同」發生〈鄭南榕、林正杰違反選罷法及蓬萊島雜誌誹謗案〉（《外交部檔案》，見本書附錄）的由來，即，1985 年底鄭南榕被參選台北市議會議員的張德銘控告在雜誌中刊載〈一億元滅桃計劃〉，內容將影響選舉結果，違反《公職人員選舉罷免法》的「意圖使人不當選」，台北地檢處於是在1986 年3 月11 日起訴鄭南榕，接著簽發拘票拘提，5 月 30 日甚至發布通緝，6 月 2 日鄭南榕遂被警方以「有逃亡之事實」為由羈押，並移送至土城台北看守所。
對於被羈押，鄭南榕在日記中否認官方所謂「拘提不到他」才發布通緝以及「逃亡」的說法。因此，1986 年 7 月 7 日台北地方法院召開辯論庭時，他在庭上告訴審判長沈銀和說：「你們今天審判我，就是審判新聞自由。」事實上張德銘在那一年的選舉中反而因此衝高選票當選了，但鄭南榕卻在法院尚未審判的情況下一直被關押著，沒有交保，直到台灣高等法院於 1987 年 1 月 24 日判處有期徒刑 8 個月確定，而當時他已在看守所連續渡過了 237 天。法院當庭釋放，結束牢獄生活。
鄭南榕從 1986 年 6 月 5 日至 1987 年 1 月 23 日止，或許因為「獄中」的緣故，相當仔細而持續地記錄了他所閱讀的重要書籍、面會的人物以及所聞所思，包括對時事、對未來的各種思考。
期間《自由時代》系列週刊仍然照常出刊，甚至在黨外 輿論市場維持著競爭優勢，因此日記中也有他對於雜誌社未來發展以及編務的各種想法。
陳儀深說，日記很難不洩露記主的情感，鄭南榕也不例外。除了與妻子、親友的互動，讀者可從日記中特別感受得到他對女兒竹梅有多麼地庝愛，對於剛讀小學一年級的竹梅所寫的隻字片語、所作的圖畫都視若珍寶，更在日記中記載她穿的衣服、脫口而出的童言童語，她的一舉一動都足以牽動鄭南榕的情緒。
鄭南榕認為獨立是台灣唯一的生路，憲法被長期戒嚴與萬年國會等措施「裝箱又上鎖」，障礙重重，還有情治單位應該法制化、應該裁減過於龐大的國防軍備等，也都是他關懷的重點；而國民黨一直不讓黨外組織新黨，又故意操縱黨外相爭的作法，只會讓台灣無法建立民主國家的競爭制度，到時候雙方都輸了，只有北京獨得漁翁之利。同時他已透視了國民黨政權與共產黨政權的「可容性」，認為兩個政黨很容易「一拍即合！」（1986 年 8 月 8 日日記），「國民黨老是以北京政權三種威脅台灣的說辭作為維持戒嚴、不取消臨時條款、不實現民主的理由。看起來，北京政權反而是國民黨政權的『主要支持者』了！」（1986 年 9 月 8 日日記）。
1986 年的黨外運動正走向關鍵期，國內兩大黨外團體「公政會」和「編聯會」早已分別提出組織新黨的計畫和時程，海外也有許信良等人發起的「台灣民主黨」組黨運動，鄭南榕且率先加入「成為該黨在台第一號準黨員」。皆可見，獄中的鄭南榕對組黨有很高的期待。進入下半年，許多隨後入獄的黨外同志，包括與他同案的發行人王鎮輝，「蓬萊島誹謗案」的苦主黃天福、陳水扁、李逸洋，以及同樣被控「違反選罷法」的林正杰等人的動向，特別是許多人披著剛成立的民主進步黨戰袍投入「增額」中央民意代表的大選，都是他關注的對象；其他像是獄友互動、一清專案後的黑道生態、甚至連獄政人員的待遇問題，也吸引他的注意。
鄭南榕出獄後不但不改其志，反而加大反抗的力度。1988年12 月10 日他的雜誌刊登許世楷的「台灣共和國新憲法草案」，
被台灣高等法院檢察署以「涉嫌叛亂」起訴，法院於 1989 年 1月 20 日簽發第一張傳票，預定 27 日開庭，但他堅持百分百言論自由與台灣獨立，並為了不讓警方再度端出「拘提不到他」的藉口，自 1 月 27 日起開始住進雜誌社裡，準備了 3 桶汽油，說國民黨「抓不到我的人，只能抓到我的屍體」，秉持一貫追求言論自由的精神，將行使抵抗權，和平地抗爭到底。4 月 4 日法院發出拘捕狀，4 月7 日警察強行攻堅，鄭南榕於是自焚殉道。鄭南榕的遺體，與一般火場之踡曲瑟縮不同，而是面部朝天，雙手平舉至胸前，全身繃縮並緊緊握拳的姿勢，好似一心求死，在烈焰中等待著死神的召喚。這是何等強大的心念才能做到！
讀完這本獄中日記，彷彿可以窺見那股意志力的由來。他在 7 月 15 日日記中特別記下 Newsweek 雜誌中，巴基斯坦反對黨領袖貝娜齊爾·布托（Benazir Bhutto，1953-2007）所說的一句話：「I learned patience the hard way when I was in jail looking at the four walls.（當我在監獄裡望著四面牆時，我學會了堅忍）」；他在獄中閱讀量大且涉獵甚廣，小說、報章雜誌、財經管理、歷史、人物傳記，無所不包，卻難得原封不動地記下這段雜誌轉載的文字。7 月 16 日放封時，他還特地指給因蓬萊島雜誌案入獄的陳水扁看。想必人在獄中，感同身受，而能與布托共鳴。
他指出，《鄭南榕獄中日記》原文有些像隨筆、又有些像札記，有時甚至只有提綱挈領的幾句話。感謝薛化元教授和鄭南榕基金會做了初步的校讀和註釋，隨後本館編輯小組才能在出版時間緊迫的情況下，竭盡所能地解讀它，包括我參與選輯的檔案作為附錄，都是希望能幫助讀者閱讀、理解鄭南榕，進而理解那一段民主運動的艱辛歷程。，
1980 年代的台灣是威權鬆動、邁向自由民主的關鍵年代，鄭南榕躬逢其盛以雜誌社為基地，延續美麗島運動以來的群眾路線，挑戰戒嚴、黨禁、二二八乃至台獨的言論禁忌，選在刊登台灣（共和國）憲法草案卻被以叛亂罪起訴的時機，自焚犧牲；這是智慧加上勇氣，終於發揮了巨大的能量。
陳儀深表示，今（2025）年初國史館有幸接受鄭南榕基金會捐贈的大批史料，依據史料所有權的歸屬，已經分別與基金會、葉菊蘭、鄭竹梅簽署了捐贈契約書，該館采集處將史料入藏之後，接著審編處會儘快進行整編、開放應用的作業。
此外，國史館亦將於下個階段蒐集政府相關檔案資料，出版鄭南榕史料彙編，以供各界參考。
《自由時代》週刊辦公室在鄭南榕自焚後現場。 圖：邱萬興提供
1989年4月14鄭南榕自焚告別式，其女鄭竹梅出席活動。 圖：邱萬興提供
鄭南榕自焚現場，前民進黨主席江鵬堅大怒後，時任警方指揮官侯友宜（照片中正面）出面協調同意讓江鵬堅帶攝影記者邱萬興進入現場拍照記錄。 圖：邱萬興提供
《自由時代》週刊辦公室在鄭南榕自焚後現場。 圖：邱萬興提供
