在有機農業中，最難達成，也最複雜的有機種子在配合產業需求的規劃下，於109年6月8日種苗場為全國第一個專門以「種子」為產品品項的有機農糧加工場域驗證。
有機農業成本高在台灣尚未普及，而有機種子使用的情形更是至少數，要種植有機種子很不容易，如果是一年生的作物，必須要用有機方式種植一個世代以上，而多年生的作物則需要用有機方法栽培兩個生長季以上才成立。
為促進有機種子產業發展，種苗場分別於民國106年與108年開始諮詢各方意見，在近年來的努力下，種苗場先以有機水稻與有機大豆為第一目標，納入種苗場有機種子的培育，並且，為了達到有機規範要求，向國立中興大學農產品驗證中心提出驗證申請，正式成為全國第一座通過驗證、可進行有機種子培育的場域。
種苗場場長張定霖表示，「有機種子的發展在不同作物上有不同的挑戰」。張場長以有機水稻為例指出，「現行有機水稻栽培在稻種消毒與育苗土消毒上雖有技術可供使用，但成本仍高未能普及，也還有秧苗綠化場等其他病原來源會造成秧苗品質不佳的問題尚待克服。」
種苗場獲得全台第一個有機種子認證的調製場域。 圖：農委會種苗改良繁殖場／提供
