蘇花改通車日期訂於2020年1月6日，不過，今天（30）日爆出蘇花改10年前環評生態調查中，部分特有種生物數量與農委會特生中心調查有差，被外界質疑正確性。公路局回應，調查報告結果與生態棲地特性、調查執行時間長短、採用之調查方法與儀器，以及投入之人力與資源等有關。

根據聯合報報導，2010年執行為期一年生態調查，顯示蘇花改沿線有7種蝙蝠與數量不多的長鬃山羊，但特生中心2012年進駐調查卻記錄到17種蝙蝠、上千隻長鬃山羊，兩者報告結果落差甚大。

對此，公路總局回應，環境監測，尤其是生態調查，能否反映實際的生態資源，與生態棲地特性、調查執行時間長短、採用之調查方法與儀器，以及投入之人力與資源等有關。

公路總局表示，蘇花改工程於規劃及施工中所做之環境監測是依據行政院環境保護署所公告之「動物生態評估技術規範」及「開發行為環境影響評估作業準則」進行2年16次的生態調查，其調查範圍為路廊左右二側各500公尺。另公路總局委託特生中心執行包含動植物比較樣區，以台灣山羊、蝙蝠、猛禽等物種為研究標的之計畫，故路廊範圍500公尺外之棲地屬可調查之範圍（例如山羊、猛禽等活動領域較廣）。

公路總局說明，另外，指標研究計畫自100年持續至111年，因蘇花改工程大多採用橋、隧構造，施工後環境復育良好，研究調查時間愈長，範圍愈廣，所得到的調查資料愈豐富，應屬於正常。

公路總局表示，他們委託之環境監測調查生態內容與委託特生中心執行之研究計畫，皆以降低工程推動之生態影響為目標，相關成果運用於評估蘇花改工程所造成的生態影響，並藉以積極進行改善措施，即期望能夠降低蘇花改工程施工過程對當地生物多樣性的衝擊，並保有在未來完成後生態復育的潛力