11月24日(六)是九合一大選的投票日，這次還有九件公投案一起投票，形成最多件公投和選舉一起來的情況。因為投票案件多，為避免民眾手忙腳亂，需要先搞清楚投票辦法。中選會統一規劃投票方式，採取「領投再領投」原則，也就是先領選舉票，投，再領公投票，投。由於公投案眾多，假如民眾不想領太多公投票也可以只領自己想投的公投案。
在九合一選舉的部分會領到 3 到 5 張選票，6 個直轄市和 3 個省轄市（基隆市、新竹市和嘉義市）可領 3 張票包括市長、市議員、里長；直轄市的山地原住民區，加上區長、區民代表有 5 張選票；直轄市外的縣轄市領 5 張選票包括縣長、縣議員、鄉鎮市長、鄉鎮市民代表、村里長。而公投案則有東奧正名、反空汙、反核食、反深澳電廠、婚姻定義、適齡性平等教育、非婚姻保障同志、婚姻平權、性平教育，選民最多能領到14張票。
投票當天動線設計，以「領投再領投」原則來考量。進入投開票所後，會先有櫃台查對民眾身分證、投票通知單，接著開始領票，先投九合一選舉，一票一匭，投完後，接著再領公投案件、投公投票，九合一選舉票匭與公投票匭之間會有做「紅龍」區隔，避免場面混亂。而考量到開票所空間，公投部分，投票所會設置3個投票匭，每3個公投案投一個票匭，若選民不小心投錯票匭，仍算是有效。
《公民投票法》在去年經立法院三讀修正過後，公投案的投票年齡從20歲降至18歲，但根據《憲法》規定，年滿20歲才有選舉權，因此年滿18歲只有公投投票權，年滿20歲的人才有公投投票權以及選舉投票權，但不論是哪一種公投案，投票人皆可自由領投或不領投。
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