備受爭議的觀塘三接的「工業港環現差案」是搶救大潭藻礁行動聯盟相當關注的焦點；該聯盟指出，10月8日時，觀塘案環差在賴清德的強力干預下顢頇通過，各方輿論壓力之下，桃園市長鄭文燦和中央都「定調出一套說法」，「並透過媒體開始質疑搶救聯盟的一些論點，這是非常符合我們期待的事」，聯盟今(10)日也針對官方說法一一提出反駁。
藻礁行動聯盟表示，官方說法強調「觀新藻礁非屬三接內『觀新藻礁保留區』，跟現在大潭電廠的地點根本不同，環保團體移花接木令人遺憾」，事實上桃園藻礁經台大戴昌鳳教授團隊調查於2008年發表證實是連綿27公里的完整地形。執政黨把連綿的藻礁及其生態系切割成「保護區」與可以開發的「處決區」，不了解觀新、觀塘藻礁是命運共同體，這種論調才是令人驚駭且遺憾的。
藻礁行動聯盟重砲轟擊，總統蔡英文「作為一國之尊的總統，我們認為她把自己降格了；民進黨素來強調的核心價值等於在這裡宣告崩盤！」，聯盟更質問，「鄭文燦市長2014/8/14選前聲援民團抗議前縣長藻礁記者會，會後發表對於整個桃園海岸地區的自然地景能夠劃為暫定自然保留區，這個說法難道沒有包括大潭藻礁在內嗎？除非大潭藻礁不在桃園的轄區。因此我們重申：鄭文燦就是對土地、對環境背信忘義！」
其二，「總統兌現已設保護區，對觀新藻礁的保育工作做得很好」，聯盟批，此說法實為掠人之美，「因為觀新藻礁野生動物保護區是在吳志揚縣長時期劃設的，當時中央是馬英九主政。至於說現在觀新藻礁被保護得很好，則是往自己臉上貼金」，「四年來除了編經費給社區做鬆散的管制以外，沒有任何的生態調查資料出爐，如何可以說是做得很好？目前大潭電廠的突堤效應造成新屋永興里海岸每逢大潮海水就溢堤，嚴重危及民眾生命財產安全，但中油的調查報告不提，民眾在環評會提問，卻只讓開發單位以書面答詢；還禁止公民進入旁聽，黑手之說怎會是空穴來風？保育工作哪裡好？」
其三，「第三接收站的方案，已經從232公頃的大面積開發，降為23公頃的最小化方案。生態團體的努力，已經有了回報，不應得寸進尺，阻礙國家能源轉型」，聯盟表示，這次環評審查的是「觀塘工業港環現差」案，而非觀塘工業「區」，「拿觀塘工業區縮小範圍，企圖營造開發方吞忍博取同情來暗示環團阻礙國家建設，這除了凸顯他們對生態系的無知之外，更是轉移焦點、入人於罪的說法」。聯盟認為，本次環現差審查的工業港面積超過900公頃，海水下方也都是生物礁，與藻礁屬同一個生態系，中油因為提不出具體對藻礁和柴山多杯孔珊瑚的因應對策，才會在7/3的專案小組會議決議被駁回（退回目的事業主管機關）；而最新的迴避替代修正方案表面上說是縮小面積，實際上是把兩個儲槽移到工業港的外海填區，這可是要重新做環評的，但在黑手介入後，公民團體的問題已經直接被吃案否決了。
其四，「劃設保護區必須有科學的調查資料做為依據，桃園市政府已委託中央大學進行調查。最後中大調查結果顯示藻礁活體不多，沒有建議劃設保護區」，聯盟痛批這是對「保育藻礁」最不負責任的說法，中中央大學的調查報告是個沒有針對藻礁生態做調查的報告。2016年10月的期中調查報告有把受到工業區汙染最嚴重、生態更差的樹林、白玉海岸藻礁建議劃為自然地景，但整個建議畫設自然地景的調查範圍「獨漏大潭藻礁」。到了2017年末的期末報告，已經受到政治因素影響，全篇報告都不再提建議畫設自然地景的事。對大潭藻礁說「藻礁活體不多」也是昧於事實的內容。
最令人質疑的是，中研院、東海大學團隊的研究已顯示大潭藻礁地景壯闊、生態不遜於觀新藻礁。民團申請劃設「大潭藻礁野生動物保護區」以落實對一級保育類柴山多杯孔珊瑚的保育，號稱人文市長的鄭文燦卻充耳不聞，甚至把責任推給中央農委會，最後變成兩個單位互相推諉的戲碼，背後因素無疑就是高層不肯放藻礁一馬。
藻礁行動聯盟呼籲，「請總統宣布召開聽證會讓爭議止息」，該聯盟呼籲蔡英文應開誠佈公地召開與三接開發案有關的「藻礁保育」、「天然氣缺口」、「能源轉型」、「環評程序正義」的聽證會。
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