行政院於14日舉行院會，針對12日發表的南海仲裁案結果，行政院長林全也做出裁示，認為仲裁形成過程以及判斷文發布，有「3個不恰當」，包括仲裁庭以「中國台灣」稱呼我國、將太平島認定為「岩礁」，以及審理過程中未邀請台灣參與仲裁程序等。林全也在院會中提出「4個主張」，希望能與相關各方展開多邊對話，建立合作機制。
針對南海仲裁案結果，行政院發言人童振源14日上午於院會會後記者會中，轉述院長林全於院會中所做的裁示。
林全指出，在仲裁形成過程和判斷文發布，有「3個不恰當」，包括以「中國台灣當局」（Taiwan Authority of China）不當稱呼我國，貶抑我國作為主權國家之地位；以及仲裁庭擴權，將非仲裁標的之太平島法律地位認定為「岩礁」，嚴重損及我方權利；最後，審理過程中，沒有邀請台灣參與仲裁程序，也沒有徵詢我方意見。
林全也針對仲裁結果提出「4個主張」，第一，中華民國對南海諸島及相關海域享有國際法及海洋法上之權利，政府會繼續固守南海諸島、捍衛主權，對任何可能損及我國利益的情勢毫不退讓。
第二，行政院以擱置爭議，共同開發的方式來處理南海爭端，願意在平等協商的基礎上，與相關國家共同促進南海區域和平，保護南海資源。
第三，台灣是任何南海多邊和平爭端解決機制不可或缺的一員，應被納入多邊爭端解決機制。
第四，我國希望能迅速與相關各方展開多邊對話，就南海環境保護、科學研究、打擊海上犯罪、人道援助以及災害救援等非傳統安全議題，建立協調及合作機制。
至於林全是否會登上太平島視察並捍衛主權，行政院發言人童振源表示，「不排除任何可能性」，但目前沒有相關規劃。
