2007年3月2日，包括教育部、公共工程委員會、經建會、文建會、法務部和新聞局等行政院相關部會共同組成的專案小組開會決定，中正紀念堂改名為「台灣民主紀念館」，館內陳設還會納入台灣民主發展過程的一些展覽物件，至於外牆如何處理，會由市民參與決定。「國立台灣民主紀念館」於5月19日掛牌。
郝龍斌主政的台北市政府文化局，為了阻止教育部拆除中正紀念堂圍牆及牌匾，3月下旬啟動文化資產鑑定程序，隨後將中正紀念堂列為「暫定古蹟」。
教育部與台北市政府之間的掛牌攻防戰激烈展開，高潮迭起，宛如電影情節。
5月19日，阿扁總統就職7週年的前一天，是「台灣民主紀念館」揭牌的大日子。揭牌儀式於下午1時30分在大孝門（臨愛國東路）內舉行，教育部長杜正勝主持，陳水扁總統、行政院長蘇貞昌都出席。
揭牌前，教育部對外表示，揭牌後的園區內只看得到「台灣民主紀念館」招牌，「中正紀念堂」牌匾將消失不見，而且不會傷到「暫定古蹟」。難道教育部會變魔術？大家都非常好奇，教育部會怎樣做。
答案揭曉，中正紀念堂管理處以維修工程的名義搭起鷹架，「技巧性 」地用布幔將「中正紀念堂」的牌匾遮住，並關閉蔣介石銅像大廳的大門，不讓銅像再見天日。建物兩側則掛上巨幅「國立台灣民主紀念館」的布幔。
揭牌儀式上，阿扁總統致詞說，中國的紫禁城過去是帝王的深宮大院，後來改為「故宮博物院」，成為全人類的文化遺產；同樣的，「中正紀念堂」原本是專制獨裁者的家廟，現在改成屬於全民的「台灣民主紀念館」。阿扁還說他力挺杜部長堅持下去，接下來「大中至正」也要正名為「自由廣場」。
教育部和台北市政府這一回合的交鋒，顯然教育部佔了上風。
當時參與此事的官員說，因為台北市政府的作風太強勢，完全沒有妥協的空間，「激起了我們高昂的鬥志」，從5月9日行政院會廢止《中正紀念堂組織條例》後，到5月19日民主紀念館揭牌的短短10天，教育部組成台灣民主紀念館揭牌專案小組，由杜部長親自操盤，抓緊時間，天天開會，外界看到的台灣民主紀念館招牌，也是揭牌前5天才定稿製作的。
4天後，5月23日上午，台北市政府迅雷不及掩耳地拆除了布幔，「中正紀念堂」5個大字重見天日。此後台北市政府和教育部之間激烈的布幔攻防戰，持續了好一陣子。
作者：韓國棟（長期主跑教育部的資深文教記者）
（編按：《走在風尖浪頭上：杜正勝的台灣主體教育之路》是資深記者韓國棟記錄前教育部長杜正勝推動教育改革及對台灣社會的影響。新頭殼特別與時報出版合作，摘錄書中有關前總統陳水扁執政時期，「處理」中正紀念堂，實踐轉型正義的經過。）
《走在風尖浪頭上：杜正勝的台灣主體教育之路》這本書，是由資深記者韓國棟所做的第一手紀錄、訪談與觀察。 圖：時報出版提供
