在立法院無法解決台灣民主紀念館組織規程的爭議，而（2007年）3月間台北市政府又已將中正紀念堂列為「暫定古蹟」的情勢下，為突破這個僵局，教育部再出奇招，向文建會申請將「台灣民主紀念園區」指定為「國定古蹟」。文建會於11月6日上午召開文化資產審議委員會，通過教育部的申請案，指定範圍包括「正面牌樓」、「

2007年3月2日，包括教育部、公共工程委員會、經建會、文建會、法務部和新聞局等行政院相關部會共同組成的專案小組開會決定，中正紀念堂改名為「台灣民主紀念館」，館內陳設還會納入台灣民主發展過程的一些展覽物件，至於外牆如何處理，會由市民參與決定。「國立台灣民主紀念館」於5月19日掛牌。郝龍斌主政的台北市

2000年5月20日，第一次政黨輪替，陳水扁就任中華民國第10任總統，當時總統府的例行作業有一個儀式，是總統帶領所有閣員到中正紀念堂蔣介石銅像前參拜。「這是我第一次進入中正紀念堂！」當時獲聘為國立故宮博物院院長的杜正勝說，那個場面就好像中國古代的新君即位，要向先帝參拜一樣。當然，阿扁第二任總統的就職