針對外界質疑中研院長翁啟惠是生技大廠浩鼎大股東，且持有美國生技公司Optimer Pharmaceuticals股票一事，中研院3日發表聲明強調「與事實完全不符」，否認翁啟惠持有Optimer股票。聲明指出，媒體報導與事實不符，中研院深感遺憾，希望各界勿以訛傳訛。
中研院在聲明中表示，美國Optimer Pharmaceuticals公司為翁啟惠在美國任職期間，於1998年與其他生技人士共同創立，過去翁啟惠在接受媒體訪問時也曾多次談及，眾所周知；在返國就任後，也依規定申報財產將Optimer股票交付信託，同時辭去該公司諮詢委員會主席與董事職務。
聲明指出，Optimer在2013年與國際知名藥廠Merck公司商議併購時，翁啟惠已隨同出脫所有持股；該公司亦在被併購後走入歷史，不復存在。
此外，中研院也表示，翁啟惠目前名下未持有台灣任何生技公司的股票。近日部分媒體未經查證，逕行報導他仍持有Optimer股票，人云亦云，並做諸多無謂揣測，均與事實完全不符，中研院對此「深感遺憾，期待謠言止於智者，各界勿再以訛傳訛。」
另外，部分媒體質疑翁啟惠公開詮譯浩鼎生技乳癌疫苗OBI-822解盲在科學意義上的適當性，中研院強調，翁啟惠在2月21日及22日相關談話均是被動接受媒體詢問，僅就浩鼎生技發布新聞稿指出，「依傳統藥物臨床試驗設計的目標而言沒有達標，但從治療性疫苗的角度來看，有免疫反應者大多數有顯著療效」所造成不同解讀，以科學的角度詮釋解盲結果所代表的意義。
中研院在聲明中強調，對於部分媒體及評論者未充分了解翁啟惠與媒體的互動過程，就誤解是翁主動出面為浩鼎辯解，而有所批判，更令人遺憾。
此外，中研院重申，浩鼎生技乳癌疫苗OBI-822是美國Memorial Sloan Kettering癌症中心技轉給該公司研發而成，並非翁啟惠技轉給浩鼎生技，翁院長在接受媒體訪問時曾特別強調。但連日來大多數媒體仍錯誤報導OBI-822是翁院長的技轉，甚至有媒體以訛傳訛報導是翁院長無償技轉給浩鼎，諸多誤謬已嚴重誤導社會大眾的認知。
中研院也澄清，技轉給浩鼎生技的研究專利是「大規模酵素合成寡醣」技術與第二代乳癌疫苗OBI-833。「大規模酵素合成寡醣」技術是用來生產製造疫苗所須的醣分子原料，第一代乳癌疫苗OBI-822後臨床試驗就是利用這項技術製造疫苗中的醣分子原料；第二代乳癌疫苗OBI-833剛進入第一期臨床試驗。
中研院指出，相關研究專利技轉給浩鼎均依政府規定辦理並收取授權金及權利金，由於浩鼎已是上櫃公司，中研院並非以技術入股技轉，而是依疫苗臨床試驗進度收取權利金，相關技轉均以中研院名義簽署技轉合約，而非翁院長個人名義。
最後，中研院強調，各項與翁啟惠有關的研究成果技術移轉給生技業者後，翁都是從技術層面義務提供諮詢及協助，未收取任何報酬，也未介入公司營運。
