中國時報今(27)日報導「國安高層示警：廢核衝擊台美關係」，引發府院緊張，紛紛發布新聞稿澄清說明，強調台灣政府從未與美方討論「核四」問題，亦未曾接獲美方任何關切。 行政院則表示，是否放棄核能發電作為能源選項，絕非僅與特定商業利益有關，因此媒體引述美國商會的相關意見，僅為國際間考量核能存廢時共同關切的議題，不應解讀為特定美國企業利益之說法。
總統府國安會表示，政府在制定「核四」相關決策時，從未將美方因素列入考慮；而媒體在未經查證事實的情況下，即以「國安高層示警」報導「可能衝擊台美關係」，將模糊核電存廢焦點及誤導民眾認知，國安會深表遺憾。
行政院則鄭重表示，核能存廢問題攸關我國能源政策及未來民眾生活、產業發展及環境永續，與全體國人的利益息息相關，絕無有圖利任何個別廠商之情事，更與正常發展的台美關係無關。政府對於核四相關議題的政策研議討論，包括核能安全、減核規劃及我國能源政策等，從未將台美關係做為政策的「關鍵」考量。
行政院指出，是否放棄核能發電作為能源選項，其考慮因素包括電力供應是否短缺、發電成本是否提高，乃至於是否衝擊環境生態及氣候變遷等問題。這些問題均為世界各國面對能源選擇時的相同嚴肅課題，絕非僅與特定商業利益有關。
行政院說，有關報載「包括燃料棒、核四諮詢費用，我方每年至少給付美國數百億元，這為一筆極大商機」之內容，並非事實。我國運轉中的3座核電廠，透過向美國所採購之燃料棒，平均每年所需經費約新台幣22億元，如果核四廠也投入商業運轉，則每年約平均再增加10億元。
另外，行政院也說，由於核能電廠的興建及維護均涉及高度核能專業，目前主要參與核四工程的廠商包含美國、日本及國內的營造及專業工程顧問業者，而奇異公司參與核四廠之反應爐設計、製造並提供顧問服務，每年顧問費用約10億元左右。
行政院強調，核四議題涉及高度工程及能源專業，需要透過多方資訊公開與理性對話提供事實，讓民眾做出理性判斷的基礎。行政院將持續監督相關主管機關確保核安，並提供充分資訊予民眾了解。
