長庚醫院一名醫生檢舉長庚醫院超收員工健保費，引爆財政部全面對醫院及醫生進行查稅行動，如果醫師與醫院雇主關係遭認定為「僱傭」關係，屆時數以千計的醫生恐將面臨上百萬元的補稅要求，十幾億元的補稅收入，對國庫等於是「天上掉下來的禮物」。
因長庚醫師檢舉長庚醫院超收員工健保費，經調查，健保局局長鄭守夏在七月初表示，長庚醫院的主治醫師，應為「僱傭」關係，醫院應替主治醫師負擔6成的健保費，醫師每個月只要負擔3成，也就是1798元健保費，長庚卻以跟醫師是「合夥人」關係，向醫師收取5992元的健保費。
按財政部規定，醫生收入是執行業務所得，在報稅時可先扣除20%收入作為必要費用，再以餘額申報繳稅，健保局收取的健保費則由醫生全額支付；若是僱傭關係，則醫生所領的是薪資，報稅時只能扣除固定的薪資特別扣除額10萬4千元，醫院則以雇主的身分替醫生支付6成健保費。這檢舉讓僱傭的醫師們省了健保費，卻要補上鉅額所得稅。
據「財訊雙週刊」報導，因僱傭關係的確立，在此事件中，光在長庚，受牽連的醫生就有上千位。而會計師則估計，以月薪40萬元的醫生來試算，5年追補稅款約170萬元；長庚醫院則須把超收的健保費退還給醫生，還得面臨超收健保費的2倍罰款，往前追溯3年，罰款粗估達4億元！
健保局醫管組組長蔡淑鈴指出，長庚醫院之所以願意妥協，關鍵就在於醫院若是因為這事件而被降等，健保給付將會大幅縮水，對醫院收入造成巨大衝擊。然而，長庚醫院一改口認定醫師與院方為「僱傭」關係，醫師的麻煩就來了。
賦稅署副署長李慶華表示，財政部已行文衛生署要求確認長庚醫院與醫師之間的關係，若是僱傭關係，表示以往長庚醫生報稅方式錯誤，將依法追討他們過去五年短繳的稅款。
健保局承保組組長鄧世輝指出，長庚事件爆發後，健保局開始對其他醫院展開查核，發現台北縣恩主公醫院、台北市振興醫院、桃園聖保祿醫院、台中林新醫院及台中仁愛醫院等五家，有類似長庚醫院的情形。此外，醫界也傳言，包括北部及中部，尚有多家大型財團法人醫院，恐怕也有類似問題。
正因為長庚事件只是台灣醫界的一個縮影，據「財訊」掌握的消息指出，財政部已決定對全國各醫院實施扣繳稅款總檢查，查核醫院對醫生的所得扣繳申報方式是否正確，若發生類似長庚醫院的錯誤，財政部對醫生追稅的影響層面將更大。
一位長庚醫生的舉發，引爆了白色巨塔裡一些習以為常、說不清楚的關係，現在都必須攤在陽光下一一檢視，醫院、醫生都受影響，但也為國庫帶來應得的稅收。
