拜資訊發達之賜，行政機關近年投訴事件頻仍，大家都疲於奔命，過程中倘加入了民代的催化，情勢的發展恐難以控制。若經由行政調查，證明投訴屬實，可以釐清事實與還原真相，以為後續處置；若投訴翻車，投訴者應承擔法律責任，民代也需負政治責任。投訴事件一旦曝光，當事人面對的壓力，恐非外人能體會，因此，為了保護當事者，行政調查的程序正義益顯重要。
《行政程序法》第36條，「行政機關應依職權調查證據，不受當事人主張之拘束，對當事人有利及不利事項一律注意。」行政機關必須依證據啟動調查，且對當事人有利與不利都應注意。但因為媒體報導或民代關切，在求快的壓力下，行政調查常會落入程序不嚴謹的瑕疵，犯下了偏頗採證的謬誤，對當事人恐已被預設「有罪」的推定。
又同法第37條，「當事人於行政程序中，除得自行提出證據外，亦得向行政機關申請調查事實及證據。但行政機關認為無調查之必要者，得不為調查，並於第四十三條之理由中敘明之。」由於網路匿名爆料盛行，行政機關概不辨真偽，快速地以「民眾投訴」名義啟動調查，常有「應調查而不調查」的疏漏，日後爭訟恐推翻原裁判結果，相關人等受到行政處分。
常見行政調查的瑕疵有二：一、應調查而不調查；二、無權調查、濫用職權或手段調查。當事人可對調查瑕疵提出行政覆議或行政訴訟，若有損害，則可申請國家賠償，調查者受到處分。行政機關設有「政風」單位具有調查權，而「業務管理」單位具有指導權，業管的訪查(視)可否作為行政調查結果？又業管訪查(視)與政風調查二類人，可否兼該案考核委員(球員兼裁判)？應更謹慎釐清。
再同法第24條第1項，「當事人得委任代理人。但依法規或行政程序之性質不得授權者，不得為之。」當事人接獲調查通知後，須依約前往，對於大多數人而言，鮮少有被調查的經驗，多是緊張、惶恐、不安，深怕說錯話或是被誤導造成不利的結果。若法規未禁止，為了維護自身的權益，可以委託律師代為出席，倘當事人必須到場，也可請律師陪同。
另有《政風機構執行行政調查作業要點》第10條，「政風機構執行行政調查，於通知受訪談者且徵得其同意後，得進行訪談，並當場製作書面訪談紀錄。如當場無法以書面製作訪談紀錄時，得以其他適當方式代之。進行前項調查，得全程錄音或錄影。但經受訪談者明確表示反對時，不在此限。第一項之同意、第二項之反對意旨，應載明於訪談紀錄或紀錄影音。」錄音錄影與否，當事人可自為主張，當然也須評估情勢的發展，此可與律師討論之。
行政調查的應為與不為早有法令明文規定，礙於投訴者的操作、民代的介入，行政機關易犯程序上的瑕疵，不得不慎。對於當事人應無罪推定，而當事人的權益維護需於法有據，任何事件的調查，最終的目的是還原真相、勿枉勿縱。
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