針對環保署長沈世宏批高雄市政府早就知道日月光有管線連接到楠梓加工出口區的海洋放流系統，現在又指控日月光埋暗管；高雄市環保局回擊，指當初是要求日月光依「加工出口區管理處規定辦理」，不是核准，必須加工出口區同意納管後，日月光再向環保局申請水污染防治措施計畫，核可後才能申請聯接。
沈世宏指出，日月光於2010年4月12日向經濟部加工出口區管理處申請4月17日陸放管維修期間，K5、K7廢水排入加工出口區污水下水道系統，所有過程均副知高雄市政府環保局。
沈世宏還說，高雄市政府於4月22日也正式公函請日月光依「經濟部加工出口區管理處規定辦理」，另公函告知加工區管理處事後副知廢水檢測結果給高雄環保局。
對此，高雄市環保局指出，2010年回覆日月光的公文，是要求依「加工出口區管理處規定辦理」，並不是核准日月光納管進加工區的海洋放流系統。
環保局表示，根據加工出口區管理處「楠梓加工區(含第二園區)污水下水道用戶申請廢污水納管及聯接使用程序」規定，相當清楚，日月光必須經過2階段的申請程序，首先須向加工出口區提出「納管申請」，即申請納入下水道系統，取得加工出口區管理處核發「同意納管文件」。之後，日月光再檢附「同意納管文件」，向高雄市政府環保局申請水污染防治措施計畫核可，取得環保局核可後，再向加工出口區申請聯接使用證明，完成法定申請程序。
環保局強調，楠梓加工區管理處審核時，應查明日月光的申請內容，確認日月光海放管線(或納入下水道系統管線)是否屬環保局的許可內容。環保局認為，加工區管理處審查日月光管線聯接時，就應該查明當中有無環保局的核准文件，環保局並無違誤，反而是加工區有疏失。
對於沈世宏指，2013年9月26日日月光以正本公函告知高雄市政府，10月5日中水回收管線與陸放管銜接的施工期間，K5、K7廢水將緊急排入加工出口區污水下水道系統，高雄市政府一直沒有回函。
環保局則回應說，日月光K7廠2008年12月19日到2013年1月15日、2013年1月16日-2018年1月15日的許可內容證的緊急應變方法中，載明若因廢水操作異常的應變方法，並未將加工出口區下水道系統管線納入解決方法中，只有註明故障或意外事故時，馬上停止生產操作。
