在兩波大罷免結束後，兼任民進黨黨主席的總統賴清德就開始進行府、院、黨三方的人事改組，民進黨內部分人士也期待立法院民進黨團總召柯建銘辭去相關職務，但柯建銘卻以總召任期到明年 2 月為由，拒絕主動退出。許多綠營相關人士認為，如果柯建銘繼續維持在朝野攻防議題上「寸土不讓」的強硬態度，將可能成員立院新會期後朝野協商的「未爆彈」。
民進黨立委邱議瑩近期接受網路節目《中午來開匯》專訪時指出，在過去一年多的時間內，柯建銘多次堅持以自身的經驗、判斷對黨團下指令，且幾乎聽不進和不同的意見，導致黨團內部溝通屢次出現扞格，「真的非常折磨、非常痛苦」。
現正最夯：反對「用司法懲政敵」！共和黨政要斥川普關稅、移民政策 預測2028總統是他...
邱議瑩以「剴剴案」修法三讀為例表示，民進黨團早在修法會議前就已經取得共識，但在投票表決前卻被柯建銘要求全體「棄權」，「這與黨團會前討論結果大相逕庭的要求，不僅讓立委們感到傻眼，也讓黨團基層難以理解」。
除了邱議瑩外，另有多名各派系綠委也對柯建銘的行為感到不滿，批評柯建銘在過去一年多內多次修改行政部門、立院黨團針對藍白提出的折衷方案，持續以強硬的態度應對在野黨，導致衝突頻發。其中一名綠委表示，如果柯建銘在未來數個月內的總召任期內持續執行「反對到底」的強硬路線，不但可能進一步惹怒在野黨，也可能拖累朝野協商的進度。
與此同時，一名行政院官員在接受訪問時稱，在柯建銘續任總召的背景下，黨團應該加強對柯建銘態度的觀察，呼籲柯建銘不要繼續堅持「堅壁清野」的路線，避免因其強硬態度造成立院內部更大的衝突與對立。
