自宣布三級警戒以來，各地傳來不少防疫亂象。諸如疫苗開放施打目前只有一至三類公費對象可接種，以外的一般民眾目前未開放，然卻傳出立委與地方高層插隊的情事，前立委、醫師林靜儀今凌晨在臉書發文表示，「凌晨十二點多，為什麼台北市某診所依然燈火通明？」她強烈要求衛福部調查台北市疫苗流向，對此指揮中心稍早強調，針對此事已委請北市衛生局進行瞭解及處理。
林靜儀稍早在臉書上表示，「某醫院據說打不完的疫苗難道由診所幫忙消耗嗎？」她強烈要求衛福部調查台北市疫苗流向，並指出正常來說疫苗接種後必須登錄健保卡。而6/8晚間10點之後，「台北市有多少非醫療人員健保卡在診所上傳了武漢肺炎疫苗接種紀錄？」
林靜儀於文章中指出，健保署編列了補助COVID-19疫苗接種處置費，而合約院所必須要依「接種資料及疫苗消耗量通報」規範，傳送資料到「全國性預防接種資訊管理系統」，回報每日消耗結存資料。她質疑，若把疫苗帶去非縣市政府衛生局指定的地方接種，要怎麼申報？ 誰負責申報？
她強調，這個狀況讓人擔心的是，疫苗接種後要能夠通報不良反應；未符合規定偷偷打的人，如果出現不良反應，「接種單位敢通報嗎？ 接種民眾的權益會不會受損呢？ 」她表示，接種者會拿到一張疫苗接種的黃色小卡，上面載明接種日期和提供接種的單位；這些不在開放施打序列的人，「該不會變成疫苗黑戶吧？會不會有接種單位和載明的機構名稱不符的情況呢？ 那，誰負責？ 」
指揮中心稍早針對此事表示，現階段COVID-19疫苗之撥配，由各地方政府統籌分配予所轄合約醫療院所，針對於合約醫療院所提供接種服務，應符合目前公費接種對象優先順序，雙北地區以第一類至第三類未曾接種第一劑疫苗的醫事、防疫人員及高接觸風險者為優先接種對象；雙北以外之縣市，則以未曾接種疫苗的第一類醫事人員為接種對象，並將視疫苗接種進度，逐步開放至第二、三類及機構對象。另針對3月22日至4月11日已完成第一劑之公費對象，於間隔10至12週後，開放接種第二劑。
指揮中心說明，針對媒體所報導之情事，已請台北市政府衛生局進行瞭解及處理，另指揮中心聲明，合約醫療院所提供接種服務應符相關規範，並落實感染管制相關指引，同時應規劃維持社交距離避免群聚感染。如經查執行其接種作業有違指揮中心相關接種政策或實施對象者，可依傳染病防治法第29條處以30萬至200萬罰鍰；也再次強調中央與地方「標準一致、做法一致、腳步一致」防疫原則，請各地方政府及醫療院所依據指揮中心所訂之COVID-19疫苗接種順序，進行施打作業。
林靜儀表示，接種疫苗不是搶福袋。搞成這種醫護像難民、消息靈通人士VIP的現象，絕對不是一個正常縣市衛生局該有的表現。她提醒，接種武漢肺炎疫苗的資料是要上傳到健保署的，「這些都是正式的公務文書登載，如果造假，是有法律問題的。」
