針對總統府宣布駁回前總統馬英九出境申請，馬英九辦公室12日發表聲明，表達「強烈遺憾」。馬辦指出，行程全程公開透明，高度自我約束，卻仍被質疑有洩密之虞，「不僅是對卸任國家元首不尊重，恐也斲傷台灣自由民主的國際形象」。
針對馬英九申請赴港一案，總統府發言人黃重諺12日表示，基於國安考量等4項理由，總統府已核定不予同意。對此，馬辦晚間也發表聲明回應指出，馬英九是於今年1月接獲邀請，盼其能在今年6月15日赴港擔任協會年度卓越新聞獎辦獎典禮的主講貴賓。馬英九經過考量，同意出席，並按總統府於民國94年經前總統陳水扁核定、行之11年的規定，在15天前向總統府提出申請。
馬辦表示，考量到香港屬於兩岸三地較為敏感地區，因此馬英九此行高度自我約束，不僅只停留7小時、當天來回不過夜，且全程公開透明，除主辦單位邀請的出版業和媒體界貴賓外，沒有任何私下行程，也未安排與旅居香港的女兒碰面，就是希望讓此行單純化，免除國內不必要的紛擾。
馬辦指出，府方認為馬英九涉密等級太高，卸任不滿一個月即出境，其所知機密均有保密必要，難以認定是否有洩密之虞，故不許可出境。但馬辦質疑，府方似已假定馬英九洩密機會甚大，不僅是對卸任國家元首的極不尊重，也是對台灣民主的諷刺。
此外，馬辦也反問，前總統李登輝於民國89年5月20日卸任，當年6月27日就以熊彼德基金會舉辦學術活動為名，赴英國訪問多日，難道沒有洩密之虞？李登輝擔任總統長達12年，比馬英九多4年，何以李登輝卸任後可出國，馬英九卻不可？標準何在？何以採取差別待遇？
對於府方認為，因香港地區敏感，故不許可。馬辦也重申，馬英九赴港之行，時間僅7小時，當天來回、全程公開，所有行程均在隨行媒體掌握之下，如何洩密？府方又稱國安局並無與香港合作的前例，無法保證馬英九的人身安全，但馬辦質疑，我國警政署與香港警務處合作多年，關係一向良好，何以不能合作運用？
馬辦指出，總統府在馬英九提出申請後，曾在6月6日晚間7時20分發函要求馬英九提供本次活動的與會人員名單和背景資料，並要求事先提供講稿內容等相關資料，馬英九均已全部照辦，並在6月7日上午7時派員親赴總統府送件。馬辦指出，如此審查方式，是否對主辦單位和卸任國家元首不甚尊重，相信社會自有公評。
最後，對於府方駁回申請另一理由指稱，是因國安單位對於馬英九此次出訪的安全維護有所顧慮。馬辦也說，李登輝卸任至今已出訪多次，前副總統呂秀蓮、蕭萬長卸任後也多次出訪，皆未聞國安單位有此顧慮，不知國安單位這次何以突然有此考量，難免讓社會大眾懷疑其非出於專業考量，而有其他動機和原因。
