WHA邀請函爭議新舊政府立場不一，連回函也疑似自家人打臉自家人。外交部9日晚間轉交給WHO秘書處的2封回函，一封由部長蔣丙煌署名，闡述馬政府過去8年的兩岸政策立場，另一封由準衛福部長林奏延提出代表團名單，林在信中提到，來函當中連結一中原則的做法是沒有必要的。

世界衛生大會（WHA）正式邀請函內容加註《聯合國大會二七五八號決議》及「一個中國原則」，引發爭議，9日是報名WHA最後期限，衛福部晚間突然召開記者會表示，收到WHO秘書處的邀請函上，並沒附上網路報名所需的帳號和密碼。

對於是否造成台灣無法參加大會？衛福部國際合作組主任許明暉說，衛福部和外交部會盡力協助，等正式參與名單確認後趕快通知世衛組織，並完成報名。

許明暉也指出，收到正式邀請函後，由部長蔣丙煌署名回函寄出給世衛秘書處，但是他們並未收到新政府的回函建議版本，回函內容仍以馬政府8年來的兩岸政策一貫立場。對於是否提及九二共識、一中各表，許則不願多談。

準行政院發言人童振源稍晚則表示，林奏延對WHO秘書處的回函將於9日寄出，信中提出此次出席參加WHA年會代表團名單，並在回函中表示，依據世界衛生組織憲章，健康是基本人權，是普世價值，不因種族、宗教、政治信仰、經濟或社會情境而有所分別。因此，台灣的參與也不應該因為政治信仰的不同而有區別，來函當中連結一中原則的做法是沒有必要的。

童振源補充說明，台灣在世衛組織的參與及各項貢獻，所依據的就是世界衛生組織憲章所明確揭櫫的普世人權價值。台灣人民的健康與充分參與國際社會的權益，絕不能以任何政治框架加以限縮。