中研院院長翁啟惠27日赴立法院教育委員會備詢。對於為何現在不請辭，翁啟惠表示，由於現在已經遴選出下屆的院長；但依遴選辦法，如果他現在請辭，則必須再重新啟動院長遴選程序；他希望總統可以立刻圈選已經呈上的院長候選人，他可以提前交接。
翁啟惠27日在召委陳學聖的急叩下，臨時趕赴立法院備詢。不過，面對尖銳問題時，他回答越來越急促。而當民進黨立委黃國書說「今天上午回答鏗鏘有力時」，翁啟惠則接口說，「有點生氣」。
對於中研院院長遴選方式從「不記名投票」改成「不記名排序投票」，國民黨立委蔣乃辛則質疑，是「有心人」奪取總統遴選院長的權力，拿到中研院。而他也認為，翁啟惠現在不辭職，是把總統圈選院長跟翁啟惠提前交接綁在一起。
對此，翁啟惠表示，新院長遴選當天，召集人是副院長王瑜；評議委員會的主席不是他，而是朱經武。
至於蔣乃辛質疑中研院將3位候選人，按照票數順序推薦給總統，翁啟惠表示，以前將名單呈給總統時也是有得票順序。至於辦法新增「順序投票」方式，他自己則贊成。
而中研院副院長王瑜備詢也表示，提案改變投票辦法不是李遠哲提的。而且這個改變，也是經過評議委員會通過。
至於民進黨立委吳思瑤質詢表示，「辭職是不是好事」時，翁啟惠則說，「這個我會思考」。
但對於中研院副院長王汎森表示，中研院倫理委員會目前沒接到檢舉，沒有啟動調查翁啟惠，吳思瑤痛批，「中研院淪喪至此」。
吳思瑤批評翁啟惠是「與社會為敵」，不理國民黨、民進黨要求要下台的聲明。而當吳思瑤提到蔡英文也認為要他請辭時，翁啟惠說，「我聽得懂，但覺得對我不公平」。他也覺得媒體報導對他不公平。
翁啟惠略帶怒氣說，「我要捍衛中研院的聲譽，不是我個人」。而當吳思瑤提到中研院聲譽已經千瘡百孔？翁接口說，「不可能任內再更糟糕」。對於立委批評他要做滿、但不可能做好，翁啟惠略帶怒氣說，「我沒有堅持要做滿」。
對於現在為何不辭去院長，翁啟惠表示，「我一開始就說中研院院長辭職，就要啟動評議會。我的認知，評議會已經啟動且選出新的院長。不希望我的辭職再去啟動評議會；既然已經選出來，我就卸任。」他強調，並不是他眷念職位，很多報導對馬總統、蔡英文都不公平，「對我也不公平」。
至於立委質疑，翁啟惠的想法跟社會大眾不一樣時，翁啟惠表示，「我們科學家本來就不正常」，但他表示，「但最不一樣的地方就是求真理」，「我講過的都是很老實的話」，當初浩鼎解盲後講的話，今天還是會講一樣的話。
對於立委詢問「你對得起自己良心？」翁說，「當然」，司法也會還他清白。「浩鼎技轉過程沒有背信」，對於女兒購買3百萬股浩鼎股票的金流，翁啟惠也表示，這個沒有問題。
至於過去是否有浩鼎其他股東幫翁啟惠暗中持股，翁啟惠證實的確有，但他說，他並不知情，「但後來瞭解，這些財務都非常乾淨」。
不過，對於國民黨立委曾銘宗要求進一步透露時，翁啟惠表示，但這個已經在調查，他不便在立法院回應。
中央研究院院長遴選辦法第2條規定，「本院院長在第 1 任任期將屆滿而無意連任， 應於任滿前 1 年、續任第 2 任任期屆滿前 1 年、 辭職或出缺時，應由本會組成院長遴選委員會， 進行遴選事宜。」
