彰化地方法院於11月27日針對頂新油品案一審判前頂新負責人魏應充等6被告全無罪，引起社會譁然，不符合社會期望的判決也引發「滅頂行動」再起。對此重大爭議案件，司法界人士與食安專家也提出見解，就判決案提出疑點。
最近有幾篇文章在網路上被廣為轉貼，一則是《觀策站》網站所刊載的「食品專家告訴你頂新油品的問題所在」文章，特別專訪食品安全與食品油脂學權威、台灣大學食品科技研究所終身特聘教授孫璐西，在這次頂新案，她也以專家學者身分至法庭作證。另外一則即是署名「楊律師」也投書蘋果日報，撰寫《黑心律師的告白：頂新案檢辯審三方心裡不敢講出口的真心話》一文，剖析案情；中正大學法律學系副教授王正嘉也整理了法院12月2日公布的判決書內容，提出全案爭點。食藥署也在3日出面反擊地院判決理由。
以下即為各方爭點內容：
1、大幸福公司油品來源有無疑慮？
彰化地方法院說法：
彰化地院認為，油品必須符合有害人體健康之虞才構成犯罪要件，而檢方未能舉證油品來源是否來自於病死豬，犯罪證據未能達成，因此法官根據無罪推定原則判決頂新無罪。
彰化地檢署說法：
檢方認為，豬隻來源來自千家萬戶的個體熬油戶，越南屠宰場無檢疫人員，因此認定油品來源有疑慮。
孫璐西觀點：
孫璐西指出，根據經濟部標準檢驗局的CNS規定「食用熬製豬脂」必須經過有關單位認可，使用健康無病之豬屠體。從食安角度來說，應是越南的大幸福公司主動提出他的豬隻檢驗合格證明；而不是像法官採取的立場，根據無罪推定的原則，要求檢察官去證明大幸福公司的豬隻來源有問題。
根據孫璐西出庭作證所聞，越南大幸福公司表示，豬隻來源是來自「千家萬戶」。這種豬隻來源如此複雜的公司，根本無法得知他是否有使用病死豬（且越南為口蹄疫的疫區）; 而在台灣的病死豬，是送到化製廠做飼料油的，因此台灣也沒有針對「病死豬做成豬油原料，再精煉成食用油」這種情況去訂定檢驗標準。
另外，台灣對於豬油原料的規範相當嚴格，甚至規定什麼部分才可以用來榨油；而越南根本沒有相關規定。事實上，越南人喜歡吃豬油渣，所以，對越南的大幸福公司而言，賣給台灣的豬油，其實是越南製作豬油渣的副產品。這種豬油原料在製作豬油渣的過程中反覆熬煮，就像是台灣夜市回收的回鍋油，都是屬於劣質油，而這種劣質油，就是他們賣給頂新的食用油原料。
二、《食品安全衛生管理法》既管制成品亦管制原料？
彰化地方法院說法：
法官認為，原油經精煉後成品符合國家安全衛生標準，即可提供食用。
彰化地檢署說法：
據彰化地檢署所提供新聞稿指出，我國食安法既管制「成品」亦管制「原料」，非辯方（頂新）鑑定人所言，僅管製成品、不問原料，認為辯方鑑定人所言不足採信。
此爭議在於，頂新主張「科學萬能論」，即只要精煉設備能將成品精煉到滿足檢驗標準，不問原料來源為何均可不顧。而檢方主張「來源單純論」，即食品檢驗的目的在於篩檢出應予廢棄的食品或原料，而非讓業者去除該項物質以滿足檢驗，否則廢棄物、排泄物、飼料、肥料等只要加工到合乎檢驗標準均可供食用，如此一來食品檢驗制度將失去意義，食安管理法規形同虛設。
對於一審判決法官採取前者之見解，檢方感到不以為然，認為辯方主張對於食安法規明顯錯誤解釋。
孫璐西觀點：
孫璐西表示，根據《食品安全衛生管理法》第15條：「食品或食品添加物有下列情形之一者，不得製造、加工、調配、包裝、運送、貯存、販賣、輸入、輸出、作為贈品或公開陳列。」其中第一項就是「變質或腐敗」。因此，即使食用油經過精煉符合標準，仍不合法。
孫璐西指出，食品的定義是「供人飲食或咀嚼之產品及其原料」，根據《食品安全衛生管理法》第15條之規定，若食品原料產生變質，即便精煉後檢驗合格也不可食用。也就是說，法官對本案主張「油經過精煉後若符合標準即可食用」，這是錯誤的觀點。
再者，檢驗是採取負面表列，是假設原料在來源正常的情況下所設定的檢驗標準。因此，即使原料檢驗合格，「仍然有可能在你的原料中，有一些我們根本沒想到、一些根本不應該在正常油品裡面出現的有害物質，那我們當然沒想到要去檢驗這些有害物質，也就不可能去訂定這個檢驗標準。」因此，關鍵在於原料必須要先符合標準，才能在這個基礎上，做後續的檢驗規範。
「如果可以取得正常的油品原料，那就沒有理由去使用精煉技術從劣質的原料油來製造食用油」。孫璐西表示，原料油精製變成飼料油，飼料油可以再精製變成食用油，這是工業用油（汽油）的概念，在食品安全這一塊是說不通的。
食品藥物管理署說法：
食藥署則認為，進入食品加工生產鏈後的原料來源及其衛生安全，應符合《食安法》之規定，使用非供人食用且不符合食安法之原料來源所生產的油脂，例如：飼料油、皮革油、回收油等，「無論該油脂或再經進一步精煉後之油脂檢驗結果如何，均不得供為食用，亦不得販售或續供為食品業之加工製造」。
三、法院、檢方、食藥署三方對油品檢驗產生爭議
彰化地方法院說法：
彰化地院認為，檢方當時以快篩法確認總極性化合物超標，遭法院認為與政府公告的檢驗方法不同，不符規定，且經法院請食品工業研究所檢驗後，發現並未超標，因此不採用檢方說法。另外，法院認定檢方所指本案油品之酸價、重金屬、脂肪酸組成等均不足以認定該油品妨害衛生，因此難認定被告犯行。
法院指出，油脂酸價僅做為油脂新鮮度、加工程度指標，與衛生安全標準無關，認定檢方藉檢驗越南大幸福公司進口油脂酸價，估計油品「酸敗」程度，是誤會一場。
法院也認定，雖食品工業研究所驗出油品含有部分銅、鉛等重金屬含量，但認為重金屬可透過精煉程序去除，成品階段未必含有重金屬，且根據《食品安全衛生管理法》第17條之規定，僅適用於終端販賣產品之衛生標準，因此不違法。
食品藥物管理署說法：
食藥署反駁，已確認檢方的快篩方法與公告之「食用油脂中總極性化合物之檢驗方法」相當，該篩檢技術已於食藥署2011年12月發行之「油炸油安全管理簡易手冊」採行在案；且食藥署事後還以公告方法檢驗一遍，結果仍為超標39.7%，與原本的40%差異不大。
彰化地檢署說法：
彰化地檢表示，針對檢驗結果，油品檢驗並非只逕以快篩法認定，實際上，仍有經食藥署複驗確認。檢方也質疑，食品工業研究所朱燕華實驗室出具之檢驗報告並未經食藥署認證，彰化地院卻以此未經認證的檢驗報告推翻食藥署的正式檢驗報告，但檢方認為食品工業研究所的檢驗方法過於草率。
四、頂新偽造內容不實之油品檢驗報告進口油品？
彰化地檢署說法：
檢方認為越南大幸福公司外銷油類僅作為飼料用，而不用於食品，認定頂新公司以食用油名義進口飼料油。
食品藥物管理署說法：
食藥署承認原料油缺乏管制規範，僅以進口關稅來區別飼料用油與食用油。
楊律師觀點：
頂新是否有以食用油名義報關購買「飼料油」，並透過「精煉」程序變成「食用油」？
楊律師認為，技術上可行，但沒有這麼笨的商人，因為「原料油」更便宜，且更純更容易精煉，不可能買較貴較不純的「飼料油」，所以唯利是圖的商人和誠信的商人都會做一樣的事，就是只買最便宜最純的「原料油」來精煉成「食用油」。
因此頂新以「食用油」的名義報關純屬新聞誤會，比較精確的說法應是，頂新想用「這未來要作成食用油」的名義報關。
他指出，報關只有2種選擇，若「未來要作成飼料油」只要繳4%或6%關稅，而且未來只能加工成「飼料油」；反之，若「未來要作成食用油」要繳20%關稅，未來才可以精煉成「食用油」，頂新依循合法程序才選擇後者，但報關實務上都是用食用油的名義記載及課稅，因此法院的判決理由就不再著墨於此，因為檢察官及法官很早就發現這個誤會了。
楊律師更舉例，「換成義美或統一，若想要從外國進口『原料油』來精煉成『食用油』，要以何種名義來報關？」這是進口原料油的唯一合法方法，沒有其他合法方法了。
