行政院院會今(10)天討論的議題包括自由經濟示範區中的「農業加值」，但遭到高雄副市長李永得和台南副市長顏純左「吐槽」，他們強烈質疑農業加值會對台灣在地農業產生影響。對此，農委會主委陳保基表示，如果現在不做，台灣將沒機會提升和開拓國際市場，最多就只能保持現狀。陳保基也反問，身為台灣農業最高主管機關，「農委會」怎會去傷害台灣農業呢？
行政院長江宜樺表示，國家農業政策的推動，係透過科技化、企業化、自由化多方著手，示範區僅是其中一環。他期許推動農業加值後，在自經區內創造平台、提供充足原料與便捷行政作業，以提高產品價值，開拓國際市場，達成農業結構轉型。自由經濟示範區將以10年為期，在有限區域推動，未來再推展至全國。
對於李永得在會中質疑政府樂觀看待台灣觀賞魚產業，並指出目前觀賞魚產值僅有11億。陳保基則舉例：「我們剛推廣蘭花時，大家認為蘭花產業並非主流農業，農業怎麼會搞到去種花呢？」但現今台灣國際蘭展卻已成為世界3大蘭花展之一。陳保基說，以蘭花舉例是希望外界不要小看台灣的觀賞魚產業，並期許台灣在未來能成為亞太地區觀賞水族動物的平台。
而現場記者在提問時，談到有許多農經學者要求管制性農產品要使用一定比例的本土原料，以保障台灣農業。但此時政院發言人孫立群忍不住反駁「剛剛您提到有很多農經學者，沒有很多啦，只有台大農經系主任吳榮杰跟中興大學陳吉仲老師反對而已，陳吉仲是從頭反對到尾，其他並沒有很多。」陳保基則在旁補充，我們發言人（孫立群）也是位農經學者，大家不要忘記了。
對於使用進口原料進行加工，卻仍標示MIT（台灣產製），是否會損及台灣品牌形象？陳保基則回應，以往台灣加工業並未規範標示來源，若在實施自經區農業後，規範更為嚴格，將失去「自由經濟示範區」的意義。陳保基強調，「農委會對台灣農民的照顧絕對是盡力的」，他也對外界所質疑的農業加值將傷害國內的農業和農民表示「嚴正抗議」，並希望盡快通過自由經濟示範區條例。
