聯合報報導指出，「教育部5月發函地方教育局處，要求研議未來甄選國中小及高中職校長時，將抽菸習慣納入遴選條件。」引發外界譁然，教育部長吳清基今(7)日到立法院備詢時，公開在立法院澄清，抽菸者照樣可以當校長，只是不宜在學生面前抽菸。
繼禁止師生戀、6歲以下幼童不能補習等爭議後，今天傳出教育部研議未來國中小和高中職校長遴選，抽菸者不得當校長，再度被批評教育部管太多管太寬，違反憲法中的工作權。
和之前的爭議澄清相仿，面對媒體和立委的關注，吳清基澄清，抽菸是個人行為選擇，菸害防制法通過後，菸害防治促進會希望教育部鼓勵學校老師戒菸，因此，才會在5月發文給縣市政府，但只是「建請、研議」，要以座談、公聽會方式尋求共識，沒有硬性禁止。吳清基強調，「工作權是憲法保障的，我們不能違反憲法、教育人員任用條例，我公開在國會殿堂正式澄清，抽菸者照樣可以當校長，只是不宜在學生面前抽菸。」
吳清基表示，抽菸是個人的自由選擇，不影響校長工作權；教育部發文只是配合菸害防制法通過，鼓勵建立無菸害的校園環境。
但據了解，花蓮縣國中小校長甄選，已經加入「凡有菸癮且自認無法戒除者，不得報名校長甄選」，這項校長不抽菸條款已引發工作權爭議。
而針對近日教育部所引發的新聞爭議，吳清基在上週四（3日）的行政院院會後記者會也一一澄清指出，教育部並沒有發文大專禁止師生戀；而6歲以下幼童不可補習，則是民進黨執政時期通過的草案，教育不分藍綠，他只是延續這項政策發展。
