行政院長吳敦義重批前總統李登輝執政13年時期黑金猖獗，基本上，吳敦義的論調是沿用國民黨非主流派系、新黨對於李登輝執政的「黑金政治」論述，他想取得深藍代言人地位，激化藍綠對立，讓選戰回歸到「藍大於綠」的基本盤，用意甚明。對於吳敦義這種僅看到李登輝時期的貪腐，對於兩蔣時代竊佔黨國的行徑卻視若無睹的兩套標準，其實並不值得進一步評論。但不可諱言的，李登輝時期台灣的政商關係確實起了相當大的變化，也到了合理回顧的時間點。
今年3月野百合學運世代曾舉辦一個「民主改革的未竟之業：李登輝與野百合再對話」座談會。中研院學者李宗榮曾希望李登輝能回應其執政時期黑金政治的質疑。只可惜，即使經過幾次追問，李登輝並沒有直接答應這個議題。
當時，李登輝的回覆大意是，因為當時民間投資不振，所以才需要由黨營企業帶頭投資，並由政府進行獎勵等等。換句話，李登輝關心的是國計民生的更高層面，至於政商掛勾，或有沒有人從中牟利，或上下其手，對他來說，可能都只是要醫療大病時，不得不承擔的副作用罷了。
不過，評價歷史不應該只侷限於這個層面。80年代前，台灣基本上是一個黨國控制的島嶼，除了樣版性、影響有限的選舉外，人民的政治自由與經濟自由，其實跟當時的朝鮮、中華人民共和國相比，也高明不到哪裡去。
同樣地，國民黨從人民手中搶來的黨產，分散各地。有的像是香港的勞工大廈，根本就被自己人直接侵佔、瓜分。換句話說，從財產的總清算角度看，李登輝時代要求把多數黨產登記在黨營中央投資公司，未必不合理。
但黨產拿回來了，沒有還財於民，當然值得批評。更可議的是，拿這些錢去投資，壯大黨的物質基礎，恐怕就更可議了。以新瑞都案的審判過程中，看到黨國以重大投資案為由，要求公營銀行聯貸後，再要求取得貸款業者回饋接近1成金額給國民黨小金庫民生基金。李登輝即便宣稱不知此事，但御下不嚴，即使沒有法律責任，也難以規避道德或政治質疑。
不過，歷史事件還是得放在當時的時空背景來看。以當時銀行貸款為例，如果貸款1百萬元，通常銀行多會要求借錢的人先回存20或30萬等部分金額。那麼給承辦員吃吃喝喝、回扣等，就更不用說了。至於那些靠政商關係貸款，一開始就打算倒帳的，要交的「手續費」或「預繳利息」就更多了。這也是為什麼那些包括新瑞都在內的貸款者，願意把1/10的貸款金額轉捐給國民黨小金庫的真正原因了。
也就是說，這些銀行要求回存、手續費、拿回扣等亂七八糟的情形，在蔣氏王朝早就大行其道；而隨著台灣逐漸民主化，地方政治人物開始可以進一步分享黨國利益時，李登輝如果還有更高的政治責任要究責，就是要問他到底有沒有曾經想要藉由他的政治力去改變這個大環境？就這一點而言，從今年3月，他回答李宗榮的提問來看，顯然是不及格的。
