對於兩岸經濟合作協議（ECFA）將成立經濟合作委員會處理兩岸貿易衝突，清華大學教授彭明輝擔憂指出，世界貿易組織（WTO）利用會員國進行貿易制裁抵制不符規約的會員國，未來中國如施壓國際不能與台灣簽訂自由貿易協定(FTA)，而台灣又碰到貿易糾紛時，將無後援抵制中國。

WTO會員個別簽定區域貿易協定，皆有義務通知WTO。至於ECFA要如何通報秘書處，涉及兩岸敏感政治定位和名稱問題，一直引發爭論。中國甚至在WTO討論台灣貿易政策時提到，這一協議是基於兩岸的特別關係簽訂，目的在正常化並加強經貿合作與自由化。

由於兩岸經濟活動越趨活絡，台灣大量進口含高劑量有害化學物質的中國產品也越多，讓環保團體省思是否能從貿易協定下手，合法將有害環境的產品阻絕境外。

交通大學倪貴榮副教授在「ECFA談貿易對環境與農業的衝擊」座談會指出，雖然WTO基本精神以減少貿易障礙，貿易自由化為主，但作為WTO獨立協定的關稅及貿易總協定（GATT 1994）b款及g款指出，為保護人類、環境、植物健康或保育等目的，可違反WTO的不歧視原則。如WTO成員國碰到有關環境保護的貿易糾紛，可透過上訴機構進行判決。

2007年巴西以翻新輪胎難以回收，以保護人類健康為名下令禁止進口歐盟翻新輪胎，獲得WTO上訴機構做出有利巴西的判決，是WTO處理環保與自由貿易爭端的著名案例之一。

不過觀察ECFA的文本內容，對於兩岸貿易爭端將由兩岸合組的經濟委員會處理，雙方代表身份或席次皆不清楚，讓彭明輝擔心在此規範的只有2個經濟體，未來碰到貿易糾紛時，經濟委員會如何做出制裁？ECFA完全沒有任何懲罰機制，台灣卻急於設想我國如何符合ECFA的內容制定損害救濟，而不研究政策性的非關稅限制。

彭明輝更表示，當各經濟體都有計劃性地與他國制定FTA，南韓每與他國簽訂FTA，南韓和某國的貿易依存位置就與台灣和某國的貿易依存位置對調，對台灣的威脅甚大。面對區域貿易複雜化的時刻，他質疑行政院是否有能力計算對台灣最有利的戰略藍圖，是否更該積極加入東協加三。