台北市府2016年編列史上最高的二備金達15億，最後遭議會通過12.5億，不過，也引發議員質疑，認為2015年台北市府也才用了6億多，今年似乎有超編的問題，對此，台北市長柯文哲3日受訪時表示，二備金是依需要來編列，沒有用完會繳庫，不會有超編問題，他也強調，主要是希望公務員不要拿沒預算當藉口，影響市政的進度。
台北市長柯文哲3日上午出席「雙城挑戰 雙塔圓夢 雙騎傳愛」活動，會後媒體提問時指出，有議員批評市府2015年二備金才用了6.39億，相較之下，柯市府竟編列高達15億，雖然最後議會僅通過12.5億，但仍有超編的問題，對此，柯文哲回應，二備金是依需求編列，有需要就用，沒有用完會繳庫，不會有超編或剩下的問題。
至於為何會編列這麼高的預算，柯文哲說，主要是因為考量台北市要主辦2017年的世大運，此外，還有許多建設要進行，不過，柯文哲也說，他已經答應議會，往後市府在預備金的使用上，每個月都會把預定支出跟實際支出上網公告。
柯文哲並指出，若按照過去的方式，不管要做什麼事，都要等到明年編列預算才能做，但是，現在初期的規畫案就可以直接用二備金處理，不過，柯也強調，不會有錢就亂用，而是該怎麼用就怎麼用，到年底剩下的還是會繳回去。
媒體追問，使用eTag收費的計劃是否也會動用到二備金，對此，柯文哲回應，主要還是看時程需要，如果來得及，就用年度預算處理，來不及就用二備金，主要還是希望公務員不要拿預算當藉口，延遲市政進度。
另外，媒體問及士林官邸是否即將收費？對此，柯文哲說，「對啊」，不過，他也說這仍是預計，但台北市民不會收錢，柯更笑稱，「因為都是觀光客，觀光客不收點錢怎麼可以？」
