新藥健保給付最耗時，有些藥品甚至超過2年！為能夠更快地受益民眾，健保署長石崇良宣布，將成立專責的醫療科技評估(HTA)機構，預計明年1月以專責辦公室的形式啟動，並配合平行審查的機制，讓部份新藥引進在一年內完成；也將爭取預算建立規模達新台幣100億的新藥基金，以更靈活的預算方式來納入新藥，與現行的健保總額限制有所區別。
因新藥納入健保給付的時間過長，部份癌症或罕病患者等不及只能自費，有些甚至面臨無力治療的窘境，病友團體為讓患友可即時使用救命藥，並呼籲政府讓癌症新藥給付有多元方式。石崇良指出，為了加快臨床缺口藥物或者突破性新藥給付，計畫從3個方向推動：
1) 「平行審查」：過去做法是分成2個階段，必先由食藥署審核通過藥證後，健保署再進行給付審查。由健保署與食藥署合作同步審查以節省時間。
2) 提升新藥的成本效益評估品質：石崇良表示，將以仿效英國國家健康照護卓越研究(NICE)的專責機構模式來進行醫療科技評估，包括協助業者提交高水準的藥物經濟評估報告，讓審查更有效率、快速，之後有些臨時性收納的藥物會收集相關臨床資料，以提供正式健保給付評估的依據，人力規模也將從現行的8人增加到100人左右，目前正向行政院爭取更多預算。
為了加快「未滿足醫療需求藥物」的新藥上市和健保納入，健保署計畫在明年1月1日先設立「專責辦公室」，採用委託方式運作，並且進行平行審查，預期可以將藥物的審查時間縮短至1年以內。然而，要達到長期的目標，還是需要成立「專責行政法人」，健保署期望在3~4年之內制定專法，建立專責機構的法律基礎。
3) 建立「新藥基金」：石崇良表示，以健保今年8月開始給付的罕病脊髓性肌肉萎縮症(SMA)基因治療藥物，一劑要價新台幣4900萬元，但治療一次終生可避免發病；但過去患者以口服藥物治療一年就要花費600萬元，且需一輩子持續服用，若以台灣人平均健康餘命64歲計算，新藥的基因治療每年平均下來卻只要花約80萬元。
因此，新藥基金將不同於現行的健保總額限制，參考英國的做法先行給付，然後根據臨床使用效果再決定是否納入健保給付，是採用一個更靈活的預算方式來支付具有革命性或者臨床需求的用藥。以英國NICE的癌藥一年費用約在新台幣百億元左右規模，來推算專責機構的行政費用約需2億預算，初期則先估1億。
