關於媒體報導有人權團體關切數位身分識別證（New eID）存在國家擴大對國民資訊監控的隱憂。對此，內政部表示，New eID與紙本身分證一樣，只有身分識別的用途，卡面資料（5項）比現行國民身分證（11項）更少，防偽功能較現行身分證更高，晶片資料會透過加密保護，要透過授權才能取用，比紙本身分證更能保護民眾隱私及資訊自主權。
內政部進一步說明，New eID將來是供各公、私部門身分識別之用，至於各公、私部門若要使用民眾個人資料，其蒐集、處理及應用，均受到個人資料保護法的規範，應盡資料保護之責；此外，使用紙本身分證辦理任何服務，是否會留下紀錄，取決於提供服務的機關，內政部不會主動蒐集這些紀錄，提供服務的機關也不會主動提供這些資訊，將來使用New eID也是相同的情形。
內政部指出，New eID在法律規範方面，戶籍法已賦予製發的依據，在個人隱私、資訊安全的保護方面，透過個人資料保護法、資通安全管理法、電子簽章法等法規，可建構綿密的保護網，New eID會在該等法律基礎上進行製發及應用，無需再另訂專法。
另據內政部表示，New eID規劃案的對外招標評選作業，是遵循政府採購法等相關規定組成評選委員會，對於評選委員，除了機關內部人員外，也挑選具有相關專門知識之專家學者擔任外部委員，且達規定1/3以上的比例。至於2017年委託政治大學辦理之審議工作坊，所蒐集的換證法規依據、是否結合其他卡片，資訊安全等議題，均已研處完成，並配合提出換發計畫及納入細部規劃案，目前正辦理細部規劃作業，將視規劃進度適時對外公開New eID相關規劃於網站專區，並與民眾溝通關注議題，落實資訊透明化。
