國民黨立委連署提案《自由貿易經濟特區條例草案》近日引發熱議，高雄市長韓國瑜也向中央喊話，設立自經區一定要首選高雄，不過在日前接受質詢時，答不出自經區細節問題，反而跳針回答「發大財」，對此，農委會今（8）日列出五點影響，陳吉仲也再次強調「對國民黨的自經區法案完全無法接受，而且強烈反對！」
早在馬英九總統執政時期，就曾提出《自由經濟示範區特別條例》，跟現在國民黨提出的《自由貿易經濟特區條例草案》大同小異，打著「前店後廠、委外加工」概念，在區域內著重原料進口加工再出口。而自貿區則是自由貿易港區概念，重點在建立以物流與倉儲的國際物流和轉運中心，雖然兩者只差一個字，不過意義卻是天差地遠。
陳吉仲指出，《自由經濟示範區特別條例》對台灣農業造成傷害的主要有3條，自經區第42條的第一項，是開放中國管制830項農產品進來，進口後加工掛「MIT」外銷或內銷，恐讓未來所有食品加工都用對岸農產品，不僅可能砸了台灣製造的招牌，更會引發食安疑慮。
一、開放中國禁止進口的農產品免稅輸入，嚴重衝擊農產加工原料市場：
新版自經區條例第42條開放目前禁止進口的中國貨品，可以自由輸入自經區內加工，這些貨品包含紅豆、花生、鳳梨、稻米和豬肉等。加工後的產品除了外銷，若屬於非管制性，還可以內銷。
第38條則提供輸入貨品免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費的優待，只要在國內從事食品加工的業者，到自經區全部免徵營利事業所得稅。
二、中國農產品也可用「台灣製造」的名義內外銷
中國農產品輸入自經區加工後，因為達成實質轉製加值（例如把花生做成花生油、花生醬、花生糖），因此可以使用「台灣製造」的名義內外銷。這會造成消費者對MIT品牌的信心減損，而且中國的低價原物料加上免關稅優勢，會促使加工業者更有誘因採用，實質排擠臺灣農產品的銷售通路。
三、衝擊超過1/3的農業總產值：
目前的農業年總產值約5,451億元，其中37%投入加工用途（約2,017億元），由農產品投入生產製成的油脂、罐頭食品、冷凍食品、調味品、乳製品等加工品，年產值約6096億，這些食品約有799億的出口值，可能因為自經區可以採用從中國進口的便宜原料而遭受嚴重衝擊。
四、變相懲罰區外採用台灣農產原料的加工業者：
自經區內的加工業者可以採用十分低價且免關稅的中國原料，享受的優惠比區外採用國產原料的業者更多，對願意支持國產農產品的加工業者造成實質打擊
五、帶來管理漏洞或食安疑慮：
新版自經區條例第41條規定輸入自經區的貨物除因重大事由排除公告外，可以不用申請簽證或核准，也不受其他法令有關輸出入規定的限制，可能會對台灣的進出口管理帶來嚴重漏洞。
