前中央研究院院長翁啟惠浩鼎案，遭控收受浩鼎生技股票作為中研院醣分子生產技術的籌碼，監察院認為翁啟惠未依法據實申報財產、未揭露利益衝突情事等違失，刑事部分無罪定讞，將其移送公務員懲戒委員會，3日遭公懲會判決申誡處分，翁啟惠今(5)日表示，這有嚴重誤解事實之情事。
公懲會認為，監察院移送翁啟惠同意收受浩鼎公司150萬技術股、低價購買3000張浩鼎公司股等6項違失，並非執行職務的違法行為，但卻會使民眾對公務員產生貪瀆的疑慮，嚴重損害政府信譽，有懲處的必要，因此以申誡處分。
翁啟惠發表千字聲明，感謝公懲會主持正義，認定上述6項並無缺失，還他清白，著實令人欣慰，但公懲會認定未誠實申報財產、未迴避利益衝突等有違失，而給予懲戒處分，實有嚴重誤解。
他指出，未申報財產的申誡處分理由稱翁啟惠以鄭秀珍名義擁有529張浩鼎股票，在民國101年12月23日申報財產時，未依法據實申報，不過，98年至101年間為表達支持技術之情，他接受好友張念慈建議，以受益人名義為2子女的家庭信託基金陸續購買浩鼎股票，也明確交代這些是給子女的投資，但因張念慈代其進行購買時，程序上有諸多限制，將他贈與子女的股票暫且登記在法人代表名下，上述均有證明可查，公懲會予以處分實在是明顯的誤解。
他說，未揭露可能發生利益衝突的情事部分，申誡理由指他與女兒為浩鼎的大股東，103年中研院與浩鼎簽訂「大規模酵素合成寡醣案」專屬授權契約時，依中研院相關規定，他應揭露可能發生的利益衝突，但他是以「創作人」身分表示專業意見，而非「院長」身分介入指導技轉程序，且未接受浩鼎任何酬報、也未主動接受媒體詢問，事後也證明皆是科學事實，證明了他在中研院技轉過程中一切符合規定，沒有揭露或利益衝突問題，申誡理由反而是對他的名譽造成無法彌補的傷害。
翁啟惠認為，「申誡」似是輕微的處分，但對他而言卻是莫須有的罪名，若不能將事實與法規釐清，未來不論是對社會或斯法機關，都難免會繼續誤解技轉程序，對國家的科技發展必定有嚴重傷害。
