益生菌是常見的保健食品，可以幫助維持腸道平衡、幫助消化，許多業者會添加從腸道、糞便中分離出的「糞腸球菌」及「屎腸球菌」作為益生菌、乳酸飲料等食品原料，但近年國際發現，因結構和抗生素類似，這兩種菌恐怕會在人體產生抗藥性，衛福部食藥署日前公告，兩種菌不得作為食品原料，若要添加，需證明兩菌無抗藥性，否則最高處300萬以下罰鍰！
食藥署說明，糞腸球菌主要是從糞便中分離出的菌種；屎腸球菌則是從腸道中分離，根據研究，兩者也可能從環境中分離出，由於兩種菌種都是原生在腸道中，過去認為若是直接補充兩種菌種，可以讓腸道維持正常運作，廣泛被使用在乳酸菌飲料、益生菌產品中。
但近年歐盟提出警訊，糞腸球菌及屎腸球菌因結構與抗生素類似，可能會攜帶抗生素的抗藥性。服用後，抗藥性會存在於人體，並在體內產生機轉，將抗藥性感染致其他體內的原生菌種，使抗藥性的問題逐漸擴大。
為此，食藥署公告，為使腸球菌之管理與國際接軌，同時保障民眾健康，明年7月1日起，不得再將糞腸球菌以及屎腸球菌作為食品原料使用，凡經查獲食品使用之原料不符合相關規定者，違者得依食品安全衛生管理法第48條規定處新臺幣3萬元以上、300萬元以下罰鍰。
食藥署指出，如果業者仍有使用需求，則應檢具菌株(strain)之基本資料、詳細生產加工過程、品管及儲存方式、預計使用方式及用量、安全性證明(包含基因毒性、九十天餵食毒性、致畸試驗、全基因體序列、毒力相關因子檢測、抗生素抗藥性檢測)，以及不具致病性證明等其他必要性資料，送衛福部提出申請並確認其食用安全，經公告後始得作為食品原料使用。
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