政府近來致力推廣有機及友善環境耕作，以減少化學農藥及肥料的使用，並推出國產微生物肥料每公頃最高補助5,000元的措施，也使微生物肥料大受農友的注目。農委會表示，由於微生物肥料中富含活的微生物，易受環境因子影響，其效果表現非速效性，無法如一般肥料般能提供立即性的養分。農委會提醒，功效依施用的菌種、在土壤中的適應性，土壤能提供菌種的養分而定，一般需要使菌種在作物根圈能達旺盛繁殖期，且感染根系20%，才能發揮其功效，進而使農友感受到微生物肥料的「肥效」。
台東區農業改良場表示，微生物肥料大受農友的注目下，經許多農友在使用後，但表示效果並不明顯，經台東場分析其土壤並比對農友使用方式發現，癥結點可能是農友將焦點錯放在微生物肥料的「肥料」二字上。農委會提到，需依據作物及土壤特性，選用適當的微生物肥料，補充土壤中的有益微生物族群，可使植株成長表現更好，對於病蟲害及環境逆境的耐受能力也會增加。
台東場指出，微生物肥料要能真正發揮功效，需要有正確的觀念及適當的使用方法。由於微生物肥料中富含活的微生物，易受環境因子影響，其效果表現非速效性，無法如一般肥料般能提供立即性的養分。其功效依施用的菌種、在土壤中的適應性，土壤能提供菌種的養分而定，一般需要使菌種在作物根圈能達旺盛繁殖期，且感染根系20%，才能發揮其功效，進而使農友感受到微生物肥料的「肥效」。
再者，所謂的肥效，基本上是指微生物肥料能提升土壤養分利用率的能力。以溶磷菌為例，原本施用的磷肥因土壤固定及部分流失後，能實質供給植物利用的比率可能只有10%-20%，經使用微生物肥料後提升至30%的利用率，而其實質上並不會自行產生養分，因此在微生物肥料的使用上，仍要搭配一般的有機質肥料或化學肥料使用。
台東場表示，微生物肥料中，根瘤菌能與豆科植物之根部共生，可將大氣中氮氣固定而產生氮肥，但其實大多數的微生物肥料，所能提供的是對作物多方面的幫助，提升肥料利用率只是其中一項，其他尚有促進作物生長及拮抗土傳病菌等益處。
台東場呼籲，為能讓微生物肥料的菌種在作物根圈生長旺盛以達「肥效」，土壤的理化特性就十分重要。台東場提醒，基本上適宜作物生長的環境，也就適宜微生物肥料菌種的生存。台東場提醒農友在使用微生物肥料之前，可以先「驗土」，採集田區土壤後，送至各區農業改良場進行土壤分析，依據分析報告建議，調整土壤性質後，再來使用適合的微生物肥料。
