前總統府秘書長陳師孟5日受訪表示，如果他的監察委員人事同意權案通過、也能在監院裡找到志同道合的人；對於前總統陳水扁及前交通部長郭瑤琪等官司的程序不正義，他會「做一些心目中認為應該還給人民一個公道的事情，因為我們進去的目的就是要這樣。」、「不然我這樣七老八十，我還跑去做這種事情，所為何來」。
總統府3月2日由副總統陳建仁舉行記者會，向外界正式介紹11位監察委員。其中，前總統府秘書長陳師孟強調，他雖然主張要廢監察院，但目前監察權是唯一能讓司法敗類退場的機制。
司法院則於3月3日發佈新聞稿回應陳師孟的批評。司法院表示，事實上，經過多年來的努力，台灣的審判獨立，比起先進民主法治國家，並不遜色。在司法審判實踐的過程，不僅外部獨立方面，完全排除了來自黨派與司法行政的體系性干涉；內部獨立方面，法官們也都奉超然公正、依法獨立審判、不受自身的政治偏好左右，為至高守則。
司法院還指出，針對政治敏感案件，難免因當事人立場的不同，對於審判結果有不同的感受或評價。但不應用粗疏的印象、政治的思考，逕將其歸咎於黨派操控、特定意識形態等，非以實證為基礎的因素，唯有如此，謹守審判獨立的法官才不會寒心，司法也才能有進步空間。
對於司法院新聞稿，陳師孟5日出席綠色逗陣活動時受訪表示，司法院的回應是可以想像得到的，大致重述他們的情況。但陳師孟認為，他們講的都是理論上的司法官應該如何，但完全沒有碰觸實際問題。坊間這麼多對於個案的質疑，司法院沒有對任何個案做出一點回應，這是很奇怪的，只把理論上，司法官應該很中立、獨立、清明告訴他一遍，但對他來講，卻是毫無說服力。
陳師孟說，他所提出的一些個案問題，包括：不傳證人、換法官等程序不正義的事情，並不是沒有任何依據就亂講一通，是根據個案提出質疑，但司法院對這些質疑絲毫不理睬，把這些質疑丟到一邊。
媒體追問，如果監察委員人事同意權通過，對於郭瑤琪、陳水扁的司法官司程序不正義，是否會提出調查？陳師孟說，他現在只是監委被提名人，通常要經過立法院審查、投票同意，才能真正進到監察院；所以，現在講話有點言之過早。
但陳師孟說，假設他真的進入監察院，假設監察院也有志同道合的其他監委，大家一起來努力，「做一些心目當中認為，應該還給人民一個公道的事情，那當然我們會做。因為我們進去的目的就是要這樣，對於司法過去長期操控在政治、政黨手中的一些讓人很遺憾的情況，我們希望做出一點更改。不然我這樣七老八十，還跑去做這種事情，所為何來」。
同時，陳師孟演講時，談到什麼時候監察院可以廢止？他說，就是要通過「除垢法」。他接著哽咽說，這些惡質法官、恐龍法官、迫害綠營政務官、阿扁、郭瑤琪等這些法官、檢察官，「如果沒有得到應有的懲罰，真的死不瞑目」，「這些法官、檢察官居然敢這樣做，我們不會輕易放過他們。」他說，就是要把這些惡跡斑斑的司法官趕出去，就像東德政府倒台後，很多不肖的檢察官、法官都被趕出，終身不能錄用。
此外，陳師孟也在綠色逗陣網站發表「權力劃分的「五．四．三」─ 論監察院與考試院的存廢」一文指出，即使進入21世紀，司法繼續扮演中國國民黨的幫兇、甚至打手的角色，一些惡檢與惡法官借「獨立辦案」為名、以「自由心證」為辭，一方面構陷追殺阿扁與扁朝政務官，另一方面為馬英九從台北市長以來的不法極力脫罪，甚至到政權已3度輪替的今天，還想為不當黨產護航，效忠特定的意識型態、服務特定的政黨利益。司法最後防線一旦潰堤，社會公義必遭踐踏，所以新政府要想落實轉型正義，司法除垢、恐龍退場絕對是首要之務。
陳師孟在文中指出，監察權正是這些司法敗類。小英總統若能賦予這批監察院新血「不打蒼蠅、三分打老虎、七分打恐龍」的任務，在所剩任期之內實現「司法河清」的理想境界，這應是一位以國家與人民為念的領袖，能對台灣所做的最大貢獻。
