外界質疑，法務部此時提廢特偵組，是因為特偵組近年來「辦綠不辦藍」，輕放前總統馬英九涉及的相關案件。對此，法務部長邱太三11日上午稱外界「想像過度」，他說，當時前行政院秘書長林益世的案子也是由特偵組偵辦，沒必要就廢除特偵組這件事，來進行政治聯想。
邱太三在立法院公報中，回應民進黨立委蔡易餘書面質詢時，公開宣示要廢除特偵組。11日上午參加行政院會後記者會時，邱太三證實，無論在社會各界反應、在立法院或是在法務部，都認為《法院組織法》第63之1條修正、廢除特偵組的時機已成熟，因此，未來在彙整相關的配套措施及方案後，在修法時會一併提出。
媒體問邱太三，是不是因為偵辦太多前總統陳水扁涉及的弊案，才在新政府上任後廢除特偵組？邱太三則表示，外界「想像過度」，特偵組不只辦綠，也有辦藍，像林益世索賄案也是由特偵組偵辦，只是「有些有辦成，有些沒有」，因此引發政治上的猜測與聯想，沒有必要。
邱太三強調，廢除特偵組，要從法制面跟功能面做檢視。他期待，在特權貪瀆案件回歸地檢署偵辦後，「少掉一個特偵組，反而在地方增加了20幾個特偵組」，因為地檢署在能量、能力以及即時性，都比特偵組強大。
邱太三也提到，檢察總長顏大和當時於立法院進行人事審查時，也贊同從長程來看，要處理特偵組的問題。顯見當年立法設置特偵組時，並沒有跟相關法制及地檢署的能量綜合考量。
