週刊報導，面對特偵組屢屢被外界質疑是政治鬥爭工具，法務部長邱太三在上任後答覆立委書面質詢時，首度公開宣示將「廢除特偵組」，最快將在立法院下個會期提案修法，刪除《法院組織法》第63條之1，讓特偵組走入歷史。
《壹週刊》10日報導，在前總統陳水扁任內成立的特偵組，讓陳水扁及相關政務官因為貪污案中箭落馬，但綠營鎖定馬英九任內的弊案要求查辦，卻遭特偵組「全部簽結」，導致特偵組多年來被外界質疑「辦綠不辦藍」，成為政治鬥爭工具。
對於特偵組爭議，民進黨立委蔡易餘在立法院會的書面質詢中提到，特偵組由檢察總長掌握人事權，又欠缺完整監督機制，導致特偵組掌權過大，且辦案容易產生政治力介入的疑慮，因此提案建請行政院研擬法律提案廢除特偵組，並解決檢察體系組織問題。
而邱太三在回覆蔡易餘的書面質詢時，則是做出廢除特偵組的主張，他也交代法務部提出一份說帖，內容包括5大理由及配套措施，建請立法院廢除特偵組。週刊也透露，民進黨團應該會在下個會期排案修法，等到9月開議排入議程後，最快10月特偵組就會走入歷史。
對此，法務部次長陳明堂10日上午表示，針對特偵組的存廢，法務部會綜合考量，審慎處理，而邱太三的說法，只是答覆立委質詢時，分析特偵組的存廢問題，並沒有在特偵組的存廢立場上表態。
檢察總長顏大和，以及特偵組發言人郭文東，則對此事低調表示「沒有意見」。
