海軍1日上午8時15發生誤射飛彈事件，國民黨前立委蔡正元不久後就於臉書公佈。對於行政院長林全是何時得知此事，政院人士晚間表示，林全是於9點多聽到這個訊息，「相關單位跟他報告，國防部長也親自打電話說明」，整個情勢林全「第一時間就掌握」。
政院人士表示，國安會也召開各種因應會議，有訊息立刻會傳給院長的重要幕僚。「誤射事情很早就確定，但誤射之後，它的影響到底是什麼，當時還在研判中。」當時得知漁船距離飛彈落點大概40海里，船難是否跟飛彈誤射有關，還不確定。
政院人士表示，林全備詢時曾表示，他大概11點左右知道漁船的事情，但不確定跟飛彈有否關係。當時林全一直在立院議場休息室，將近中午時，林全就指派副院長林錫耀與國防部副部長林喜明一起前往高雄處理。
大概到了下午2點多，林錫耀回報，漁船事件大概與飛彈誤射相關。因為，船隻狀況初步研判大概如此，但還需要國防部的正式說法。因此，國防部當時確定下午3點半要出來開記者會。國防部還請部長辦公室主任熊厚基到立院向林全報告。但因為立院備詢，一直拖到3點40分左右，熊厚基才有機會親自跟林全報告記者會將召開的內容與事情經過；林全也詢問此事跟漁船關係以及後續可能說法。
而國防部也在6時左右回報海軍司令黃曙光晚上7時半將在左營召開記者會，承認錯誤、公佈初步調查報告及懲處建議。
政院人士表示，林全因為在立法院備詢，所以在聯繫開會上比較不方便。但還不確定漁船是否與飛彈事件相關前，他還是要求林錫耀先南下瞭解，並慰問傷亡漁民的家屬。
