海軍艦艇誤射飛彈事件在1日引發軒然大波，不僅造成一名台灣籍漁船船長不幸身亡，據《壹週刊》報導，還因此開啟中國的飛彈射控雷達，差點觸發對岸的地對空飛彈。對此，國防部1日下午在記者會中否認，並強調此次事件「純屬意外」，和政治動機無關。

對於共軍是否因為此次誤射飛彈事件而有所騷動，國防部在1日下午的記者會中鄭重否認。國防部表示，就他們的觀察，共軍的部隊和艦艇並沒有任何異常之處，因此有關「觸發中國射控雷達」的相關報導，皆為媒體臆測。

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另外，1日恰逢中國共產黨建黨95週年，媒體質問國防部，如何取信中國，讓對岸相信這次事件沒有任何政治動機？國防部則強調，1日的誤射事件，就是士官沒有按照程序所發生的意外。「和黨慶扯在一起，是無稽之談。」

而雄三飛彈在發射後，雖擊中並貫穿祥利昇號，但並未引爆，且自毀裝置也未啟動，隨即沈入海中。是否會立即打撈這枚雄三飛彈，國防部則是表示：「我們再研究看看。」

至於前立委蔡正元在消息獲官方確認前，就已在個人臉書上發布「飛彈危機」的相關貼文，媒體質疑是否有洩密之嫌，國防部則低調表示，等到事情釐清後，再進一步說明，但並未提到何時才會釐清事情真相。