針對海軍艦艇誤射雄三飛彈，國防部1日下午召開記者會證實，飛彈掉落海域發生的「祥利昇號」船難意外，是因雄三飛彈誤射所致。行政院長林全1日下午在立法院備詢時也表示，「對於國軍誤射飛彈事件讓人民所造成的傷亡，感到特別難過，也感到抱歉。」
林全表示，事件發生後立刻派行政院副院長林錫耀、立刻南下高雄了解情況，國防部也有召開記者會說明，就在院會中間休息時，林錫耀回報，這次船難應該是國軍誤射飛彈所致，林錫耀也立刻前往關切。
至於南下高雄進行瞭解的林錫耀則表示，林全除了對亡者表達哀悼之意，並指示相關單位應妥善處理後續事宜。他在高雄指出，檢察官已進行受損漁船與受難船長的相驗工作，軍方及中科院專業人員也在進一步勘驗，希望能把原因找出來。
林錫耀強調，他南下代表林全向罹難船長家屬表示慰問及歉意，表達政府對此事件的關心，也強調政府會百分之百承擔該負的責任。此外，針對此事件發生的原因及缺失必須要檢討改進，有哪些責任要加以追究，會請國軍儘速查明，對社會有所交代。
針對媒體詢問調查報告公布的時程，林錫耀表示事涉專業，但政府會盡快。由於受損船體從外觀上來看，應該是受外力穿透造成，被破壞的面積頗大，船長剛好就在被穿透的位置，因此不幸罹難。
而林全在立院也說，「國防部會繼續後續事件的處理，當然在這裡也特別對於國軍造成的誤擊，對於人民所造成的傷亡，感到特別難過，也感到抱歉。」對於國軍這次的誤射事件，有一個檢討和後續調查也會跟社會大眾坦承說明。
林全並提到，不會把誤射事件當成單一事件來看，一定會要求國防部進行檢討有關的人員訓練上處理與管理上的缺失。
