行政院長林全26日上午首度主持行政院院會，會後媒體聯訪，針對衛福部長林奏延在世界衛生大會（WHA）發言時，僅用中華台北一詞，未提台灣，林全對此表示，這是現實的問題，雖然不滿意，但勉強可以接受，未來政府會爭取國人的了解、也盼國家尊嚴能得到維持。
針對中國國台辦主任張志軍25日指稱「台獨是沒有前途的」，強調「搞台獨只有死路一條」，並呼籲新政府儘快「把這個選項（台獨）排除，回到兩岸同屬一中的基礎上推動兩岸關係和平發展」。對此，林全表示，希望兩岸之間多一點善意互動，他相信，只有善意互動才能增進雙方彼此關係，這是行政院的看法，這個立場也不會改變。
另外，對於林奏延在WHA發言時，僅以「中華台北」自稱，未提及台灣。林全則說，「中華台北」是目前台灣參與國際組織最常用的名稱，「雖不滿意、但勉強可以接受」。
林全指出，以「中華台北」參與國際組織，這是現實的問題，但他不希望因為這些問題的阻礙，造成參與機會受到影響，同時也影響到對全球事務的貢獻，以及交流的機會。林全說，政府會在這個前提下，爭取國人對參與活動中間的了解，同時也希望國家尊嚴能夠得到維持。
至於對交通部擬採國道橫向收費、端午連假夜間取消免費以及環保署長李應元停止太魯閣採礦，引發花蓮縣長傅崐萁的不滿。林全表示，政府施政都應該要傾聽民意、要謙卑，因此，有關政策難免都會有需要傾聽的時候、也要協調。
林全說，期待未來的政策一定要有很好的鋪陳，因為新政府剛開始接手，特別對於端午連假的政策，因為其處理的時間非常短，未來會要求行政首長在做相關政策的時候，政策和溝通都要同時進行。林全並強調，「溝通不需要平台、隨時都可以進行」。
