環保署預計今年7月實施開徵「水污染防治費」，25日上午召開「收費辦法修正草案」公聽會，原條文中對於台電台中火力發電廠、台塑麥寮汽電等燃煤電廠抽取海水進行排煙脫硫廢水水污費給予費額優惠，環保團體主張，環保署應取消燃煤電廠排放廢水pH值介於6.8至8.2之間的折扣優惠，並應增收「總含汞量」水污費。
在水污染防治費收費辦法草案第5款第2項當中，環保署列出以煤為燃料，並且使用海水去除燃煤排氣中硫氧化物的發電廠，把排煙脫硫之後放流海水的水污費計算（每公斤0.4元），費額為廢水排廢中的硫氧化物濃度乘以一定費率，若廢水pH值介於6.8至8.2，將可給予7到5折的費額優惠，若排放廢水pH值低於6.8或高於8.2均無優惠。
台電的台中龍井火力發電廠是全球第1大燃煤電廠，台塑麥寮汽化電廠的燃煤發電量也高居全球第6大，看守台灣協會指出，燃煤電廠燃燒會抽取海水將燃燒生煤排放出來的硫化物排入大海中，一般而言，海水的pH質大約介於8.1到8.2之間，燃煤電廠長期把硫氧化物放流到大海中，容易造成海水酸化，會影響魚類的產卵行為，目前各家電廠有能力將廢水調整到與海水pH值接近之後再排放，環保署不該提供折扣。
此外，在燃燒生煤發電的過程中，也會產生出有害環境的汞，看守台灣協會表示，目前各燃煤電廠都已經有能力測量出燃煤過程中排放出汞的數值，目前政府將燃燒生煤發電的時間展延到2017年6月9日，環保署一定要將燃煤電廠產生的「總汞量」（每公斤31,250元）產生的水污費的計算公式，與「含硫氧化物」一起列入海水排煙脫硫的水污費徵收項目當中。
對此，台塑麥寮汽電公司代表指出，目前檢測出燃煤過程中排放出來的總汞量並沒有很多，也沒有大家想像中的那麼嚴重，該公司每一季都定期申報，並管理燃煤源頭產生的汞含量，如果有興趣的話，可以提供媒的含汞量資料給環保署與環保團體作為參考。
環保署強調，目前每年徵收的水污費不到3億元，但是空污費卻高達30多億，水污費收費還不到空污費的10分之1，不希望各燃煤電廠把海洋當作最終的廢棄物處置場，環保署堅持對各項水污染物設定最大值的限制。
